Մոլդովայի տարածքում հայերը հաստատվել են դեռևս միջնադարում։ Նրանք այստեղ են գաղթել Ղրիմից։ 1401 թ-ին Սուչավայում հիմնվել է հայկական եպիսկոպոսություն։ Հայերը բնակվել են Սորոկի, Բենդերի, Քիշնև, Կաուշանի, Աքքերման քաղաքներում, ավելի ուշ՝ 1792 թ-ին, նրանք հիմնել են Գրիգորիուպոլիսը։ Մոլդովայի հայ գաղութն օգտվել է արտոնություններից. ունևոր դասին իրավունք է տրվել զբաղեցնելու պետական պաշտոններ, կրելու ազնվականական տիտղոսներ։ Մոլդովայում հայտնի հայ գործիչներ են եղել Մանուկ բեյ Միրզայանը. նա է հիմնել Հնչեշտ (հետագայում՝ Կոտովսկ) քաղաքը, հայ ազգային-ազատագրական շարժման գործիչ, ապա՝ Բեսարաբիայի հայոց թեմի առաջնորդ, հետագայում՝ Ամենայն հայոց կաթողիկոս Ներսես Աշտարակեցին, մեծանուն ծովանկարիչ Հովհաննես Այվազովսկու եղբայր, հայտնի հոգևորական Գաբրիել արքեպիսկոպոս Այվազյանը, բանաստեղծ, մանկավարժ Հարություն Ալամդարյանը և շատ ուրիշներ։
Հայ համայնքը վերածնունդ է ապրում 1990-ական թվականների սկզբից։ Ներկայումս Մոլդովայում բնակվում է մոտ 9-12 հզ. հայ, ովքեր ակտիվ մասնակցություն ունեն հանրապետության տնտեսական ու մշակութային կյանքին։ Հայերը բնակվում են Քիշնև, Բելցի, Բենդերի և այլ քաղաքներում։ Մերձդնեստրի Մոլդովական Հանրապետությունում հայերը կազմում են 1.000 մարդ հիմնական Տիրասպոլում և այլ քաղաքներում։ Մոլդովայում գործում է հայկական 4 եկեղեցի, դպրոցներ, հայ մշակույթի Անի կենտրոնը, որի նպատակը հայկական ավանդույթների և տարածքի հայկական ճարտարապետական հուշարձանների պահպանությունն է։