Խնձորուտը նախկինում կրել է Ալմալու անվանումը և մտել է Երևանի նահանգիՇարուր-Դարալագյազի գավառի կազմում։ 1946 թ.-ի նոյեմբերի 12-ին Գերագույն Խորհրդի նախագահության որոշմամբ անվանվել է Խնձորուտ[2]։
Գյուղը հիմնադրվել է 1826-1828 թթ. ռուս պարսկական պատերազմի հետևանքով Պարսկաստանի Խոյ նահանգիՍալմաստ գավառից գաղթված հայ գաղթականների հաշվին։ Նախկինում գյուղը ունեցել է «Սուլթան բեկ» անվանումը։ Վերանվանվել է 1930 թվականին։ Սակայն գյուղն ավելի հին է, քան ենթադրվում է։ Այդ մասին վկայում են «Հին գյուղ» կոչվող տարածքում հայտնաբերված, 7-րդ դարով թվագրված խաչքարերը, ինչպես նաև զարդաքարերով, սրբատաշ քարերով կիսավեր կառույցները։
Խնձորուտում կա XIX դարի եկեղեցի։ Գյուղից մոտ 2 կմ հարավ ընկած են Խնձորուտ գյուղի ավերակները իսկ նրանից հյուսիս-արևմուտք գտնվում են Աղոպեն (Օղպին) գյուղի ավերակները։
Այս հոդվածի կամ նրա բաժնի որոշակի հատվածի սկզբնական կամ ներկայիս տարբերակը վերցված է Քրիեյթիվ Քոմմոնս Նշում–Համանման տարածում 3.0 (Creative Commons BY-SA 3.0) ազատ թույլատրագրով թողարկված Հայկական սովետական հանրագիտարանից (հ․ 5, էջ 63)։