ԴՆԹ

Վիքիպեդիայից՝ ազատ հանրագիտարանից
ԴՆԹ-ի կրկնակի պարույրի կառուցվածքի մի մասը
ԴՆԹ-ի քիմիական կառուցվածք. ջրածնական կապերը նշված են կետագծերով

Դեզօքսիռիբոնուկլեինաթթու (ԴՆԹ) (անգլ.՝ Deoxyribonucleic acid (DNA)), նուկլեինաթթու, որը պարունակում է բոլոր կենդանի օրգանիզմների և որոշ վիրուսների զարգացման և կենսագործունեության գենետիկական հրահանգները։ Նուկլեինաթթուները սպիտակուցների և ածխաջրերի հետ միասին համարվում են կյանքի համար անհրաժեշտ երեք կարևորագույն մակրոմոլեկուլները։ ԴՆԹ-ի մոլեկուլները սովորաբար կրկնակի պարույրներ են՝ կազմված երկու երկար կենսապոլիմերներից, որոնք էլ իրենց հերթին կազմված են նուկլեոտիդներից։ Յուրաքանչյուր նուկլեոտիդ կազմված է ազոտային հիմքից (գուանին (G), ադենին (A), թիմին (T) և ցիտոզին (C)), ածխաջրից (դեզօքսիռիբոզ) և ֆոսֆորական թթվի մնացորդներից։ ԴՆԹ-ի մոլեկուլների հիմնական դերը տեղեկատվության երկարատև պահպանումն է։ ԴՆԹ-ի այն հատվածները, որոնք ծածկագրում են սպիտակուցներ, կոչվում են գեներ, իսկ ԴՆԹ-ի չծածկագրող հատվածներն ունեն կառուցվածքային նշանակություն կամ մասնակցում են ծածկագրող հատվածների ակտիվության կարգավորմանը։

ԴՆԹ-ի երկու շղթաներն ընթանում են միմյանց հակառակ ուղղությամբ, որի պատճառով համարվում են հակազուգահեռ դասավորված։ ԴՆԹ-ի որևէ ծայրում շղթաներից մեկի 3′ ծայրն է, մյուսի՝ 5′ ծայրը։ Դեզօքսիռիբոզին միանում է 4 տեսակի ազոտային հիմքերից որևէ մեկը[1]։ Հենց այս 4 ազոտային հիմքերի հաջորդականությունն էլ ապահովում է ինֆորմացիայի կոդավորումը։ Ինֆորմացիան պահպանվում է գենետիկական ծածկագրի միջոցով, իսկ ծածկագիրը հետագայում փոխակերպվում է ամինաթթուների հաջորդականության։ ԴՆԹ-ի շղթաներից մեկի հիման վրա միաշղթա նուկլեինաթթվի՝ իՌՆԹ-ի սինթեզի պրոցեսն անվանվում է տրանսկրիպցիա, իսկ իՌՆԹ-ի կաղապարի վրա ամինաթթուների հաջորդականության սինթեզը՝ տրանսլյացիա։

Բջիջների ներսում ԴՆԹ-ն փաթեթավորվում է քրոմոսոմների մեջ։ Բջջի բաժանման ժամանակ քրոմոսոմները կրկնապատկվում են ԴՆԹ-ի ռեպլիկացիայի (կրկնապատկման) ժամանակ։ Էուկարիոտ օրգանիզմների մոտ (կենդանիներ, բույսեր, սնկեր և նախակենդանիներ) ԴՆԹ-ի հիմնական մասը պահպանվում է կորիզում, իսկ որոշ մասը՝ օրգանոիդներում (միտոքոնդրիումներում կամ քլորոպլաստներում) [2]։ Պրոկարիոտների մոտ (բակտերիա և արքեա) ԴՆԹ-ն պահպանվում է միայն ցիտոպլազմայում։ Քրոմոսոմներում ԴՆԹ-ի փաթեթավորմանը մասնակցում են հիստոնային սպիտակուցները։

Հետազոտման պատմությունը[խմբագրել]

ԴՆԹ-ն հայտնաբերվել է 1869 թվականին Ֆրիդրիխ Միշերի կողմից։ Սկզբում նա այն անվանում է նուկլեին, բայց հետագայում, երբ բացահայտում է այդ նյութի թթվային հատկությունները վերանվանում է՝ նուկլեինաթթու[3]։ Նոր բացահայտված միացության կենսաբանական նշանակությունը դեռևս պարզ չէր, և այն պարզապես համարում էին օրգանիզմում ֆոսֆորի պահեստարան։ Ավելին, դեռ 20-րդ դարի սկզբում շատ կենսաբաններ համարում էին, որ ԴՆԹ-ն ոչ մի կապ չունի տեղեկատվության պահպանման և փոխանցման հետ։

Հետագայում ապացուցվեց, որ հենց ԴՆԹ-ն, այլ ոչ թե սպիտակուցներն են համարվում գենետիկական տեղեկատվությունը պահպանող մոլեկուլներ։ Այս փաստը ապացուցող առաջին փորձերը կատարեցին Էվերը, Կոլին Մաք-Լեոդը և Մաքլին Մաք-Կարտին 1944 թ.։ Ամերիկացի գիտնականներ Ալֆրեդ Հերշիի և Մարտա Չեյզի փորձը նշագրված իզոտոպներով թույլ տվեց ապացուցել, որ վարակված բջիջներ է անցնում ֆագի միայն նուկլեինաթթուն, իսկ ֆագերի նոր սերունդներն ունենում են և՛ սպիտակուցներ, և՛ նուկլեինաթթուներ[4]։ Մինչ 20-րդ դարի 50-ական թվականները ԴՆԹ-ի ճշգրիտ կառուցվածքը մնում էր անհայտ։ Չնայած արդեն քիչ թե շատ հայտնի էր, որ ԴՆԹ-ն կազմված է մի քանի շղթաներից, շղթաների թիվը և դասավորությունը ոչ ոք չգիտեր։ ԴՆԹ-ի կրկնակի պարույրի կառուցվածքը առաջարկեցին Ֆրենսիս Կրիկն ու Ջեյմ Ուոթսոնը 1953 թ.՝ հիմնվելով Մորիս Ուիլկինսի և Ռոզալինդ Ֆրանկլինի ստացած ռենտգենոկառուցվածքային տվյալների, ինչպես նաև «Չարգաֆի օրենքի» վրա[5]։ Ուոթսոնի և Կրիկի առաջարկված ԴՆԹ-ի մոդելը հետագայում ապացուցվեց, իսկ նրանց առաջարկը 1962 թ. ստացավ Նոբելյան մրցանակ՝ ֆիզիոլոգիայի և բժշկության բնագավառում։ Նոբելյան մրցանակը ստացողների շարքում չկար Ռոզալինդ Ֆրանկլինը, քանի որ նա այդ ժամանակ մահացել էր քաղցկեղից (մրցանակը ետմահու չի շնորհվում)[6]։

Մոլեկուլի կառուցվածքը[խմբագրել]

Նուկլեոտիդներ[խմբագրել]

Adenine.svg Guanine chemical structure.png Thymine chemical structure.png Cytosine chemical structure.png
Ադենին Գուանին Թիմին Ցիտոզին
ԴՆԹ-ի կազմում ամենից հաճախ հանդիպող ազոտային հիմքերի կառուցվածքը

Դեզոկսիռիբոնուկլեինաթթուն (ԴՆԹ) կենսապոլիմեր է, որի մոնոմերները նուկլեոտիդներն են[7][8]։

Յուրաքանչյուր նուկլեոտիդ կազմված է օրթոֆոսֆորական թթվի մնացորդից, որը միացած է դեզօքսիռիբոզին 5' դիրքում։ Վերջինիս 1' դիրքում միանում է 4 ազոտային հիմքերից որևէ մեկը գլիկոզիդային (C-N) կապի միջոցով։

Հենց նուկլեոտիդների կազմության մեջ մտնող ածխաջրի տեսակն էլ ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի միջև հիմնական տարբերություններից մեկն է։ (ՌՆԹ-ի կազմի մեջ մտնում է ռիբոզը)[9]։ Նուկլեոտիդի օրինակ է ադենոզինմոնոֆոսֆատը, որի ազոտային հիմքը ադենինն է։

Տարբերում են ազոտային հիմքերի 2 հիմնական խումբ պուրինային (ադենին (A) և գուանին (G)) և պիրիմիդինային (ցիտոզին (C) և թիմին (T))[10]

Բացառության կարգով, օրինակ բակտերիոֆագ PBS1-ի մոտ ԴՆԹ-ի կազմում հանդիպում է նաև 5-րդ տիպի ուրացիլ (U) ազոտային հիմքը։ Ուրացիլը կազմված է պիրիմիդինային օղակից և թիմինից տարբերվում է միայն օղակում մեթիլ խմբի բացակայությամբ։ Ուրացիլը հանդիպում է ՌՆԹ-ի կազմի մեջ և այնտեղ փոխարինում թիմինին[11]։

Հարկավոր է նշել, որ թիմինն ու ուրացիլը չեն հանդիպում միայն ԴՆԹ-ում և ՌՆԹ-ում համապատասխանաբար։ Պարզվել է, որ որոշ ՌՆԹ-ների սինթեզից հետո տեղի է ունենում ուրացիլների մասնակի մեթիլացում, որի պատճառով վերջիններս վերածվում են թիմինի։ Այս պրոցեսը տեղի է ունենում փՌՆԹ-ի և ռՌՆԹ-ի սինթեզի ժամանակ [12]

Կրկնակի պարույր[խմբագրել]

Կախված մոլեկուլում իոնների կոնցենտրացիայից, կենդանի օրգանիզմներում ԴՆԹ-ի մոլեկուլը կարող է գոյություն ունենալ տարբեր տարածական կառույցներով: Նկարում պատկերված են A, B и Z-ի մոլեկուլները (ձախից աջ):

ԴՆԹ-ի պոլիմերը օժտված է բավականին բարդ կառույցով։ Նույն շղթայում նուկլեոտիդները միմյանց միացած են կովալենտ կապերի միջոցով՝ առաջացնելով պոլինուկլեոտիդային շղթաներ։ Համարյա բոլոր դեպքերում 2 պոլինուկլեոտիդային շղթաները միմյանց միանում են ջրածնական կապերով առաջացնելով կրկնակի պարույր. բացառություն են կազմում որոշ վիրուսներ, որոնց ԴՆԹ-ն միաշղթա է[5][9]

Յուրաքանչյուր շղթայի հիմքը կազմված է միմյանց հաջորդող ֆոսֆատներից և ածխաջրերից[13]։ Միևնույն շղթայի նուկլեոտիդները միացած են ֆոսֆոեթերային կապերով, որոնք ձևավորվում են մի նուկլեոտիդի 3'-հիդօքսիլային (OH) և մյուս նուկլեոտիդի 5' ֆոսֆատային (5'—РО3) խմբերի միջև։ ԴՆԹ-ի շղթայի ասիմետրիկ ծայրերն անվանում են 3' (երեք պրիմ) և 5' (հինգ պրիմ)։ Մոլեկուլի բևեռականությունը մեծ նշանակություն ունի ԴՆԹ-ի սինթեզի ժամանակ։

ԴՆԹ-ի երկու շղթաները պարուրված են մեկը մյուսի հետ և այդպես պահպանվում է երկու շղթաների դեմ դիմաց գտնվող նուկլեոտիդների միջև առաջացող ջրածնական կապերի միջոցով։ Բնության մեջ ԴՆԹ-ի մոլեկուլը հիմնականում աջ պարուրված է։

Երկու շղթաներում 3' ծայրից 5' ծայր ուղղությունը միմյանց հակառակ դասավորված են (շղթաները միմյանց հակազուգահեռ են)։ Երկպարույրի լայնությունը 22 - 24 Å է, կամ 2,2 - 2,4 նմ, յուրաքանչյուր նուկլեոտիդի երկարությունը՝ 3,3 Å (0,33 nm)[14]։

Երկպարույրում տարբերում են փոքր (12 Å) և մեծ (22 Å) ակոսիկներ [15]։ Այն սպիտակուցները, որոնք միանում են երկշղթա ԴՆԹ-ին (օրինակ՝ տրանսկրիպցիայի ֆակտորները) մեծ ակոսիկի շրջանում, քանի որ այդտեղ նուկլեոտիդներն ավելի հասանելի են[16]։

Ազոտային հիմքերի միջև առաջացող կապերը[խմբագրել]

Base pair GC.svg
Base pair AT.svg
Վերևում գուանին-ցիտոզին (GC) զույգը 3 ջրածնական կապերով։ Ներքևում ադենին-թիմին զույգը 2 ջրածնական կապերով։ Ոչ կովալենտ ջրածնական կապերը նշված են կետագծերով։

Մի շղթայում գտնվող նուկլեոտիդի ազոտային հիմքը միանում է դիմացի շղթայի որոշակի նուկլեոտիդի հետ։ Այսպիսի յուրահատուկ կապը անվանվում է կոմպլեմենտար, իսկ երևույթը կոմպլեմենտարություն։ Պուրինները կոմպլեմենտար են պիրիմիդիններին (այսինքն՝ կարող են նրանց հետ առաջացնել ջրածնական կապեր)։ Ադենինը կապվում է թիմինի, իսկ ցիտոզինը՝ գուանինի հետ։ Շղթաները միացած են նաև հիդրոֆոբ և ստեքինգի կապերի միջոցով, որոնք կախված չեն նուկլեոտիդների հաջորդականությունից։

Շղթաների կոմպլեմենտարությունը նշանակում է, որ ինֆորմացիան, որն առկա է մի շղթայում, պարունակվում է նաև մյուսում։ Կոմպլեմենտար զույգերի միջև փոխհարաբերությունների յուրահատկությունն ու դարձելիությունը մեծ նշանակություն ունեն հատկապես ԴՆԹ-ի ռեպլիկացիայի և մյուս ֆունկցիաների իրականացման ժամանակ։

Քանի որ ջրածնական կապերը կովալենտ չեն, նրանք արագ խզվում և վերականգնվում են։ Երկու շղթաները կարող են առանձնանալ հատուկ ֆերմենտների (հելիկազա) կամ բարձր ջերմաստիճանի ազդեցությամբ[17]։ Տարբեր նուկլեոտիդային զույգեր առաջացնում են տարբեր քանակի ջրածնական կապեր։ AT զույգը կապված է երկու, իսկ GC զույգը՝ երեք ջրածնական կապերով. այս պատճառով GC զույգի անջատումը ավելի շատ էներգիա է պահանջում։ GC զույգերի պարունակության տոկոսը և ԴՆԹ-ի երկարությունը որոշում է շղթաների առանձնացման համար անհրաժեշտ էներգիան[18]։

ԴՆԹ-ի այն հատվածները որոնց ֆունկցիայի պատճառով պետք է լինեն հեշտ խզվող, ինչպիսին օրինակ բակտերիալ պրոմոտորների TATA հաջորդականություններն են, պարունակում են մեծ քանակությամբ A և T։

Պարույրի կենտրոնում գտնվող քիմիական միացությունը բենզոպիրենն է, որը ծխախոտի ծուխի հիմնական մուտագենն է[19]

Հիմքերի քիմիական ձևափոխությունները[խմբագրել]

    1rightarrow.png Հիմնական հոդված՝ ԴՆԹ-ի մեթիլացում

Քրոմատինի կառուցվածքը ազդում է գեների տրանսկրիպցիայի վրա. հետերոքրոմատինի հատվածները փոխում են իրենց ակտիվությունը ցիտոզինի մեթիլացման դեպքում։ Օրինակ՝ ցիտոզինի մեթիլացումից հետո 5-մեթիլցիտոզինի առաջացումը մեծ նշանակություն ունի X քրոմոսոմի ապաակտիվացման մեջ[20]։

Մեթիլացման միջին մակարդակը տարբեր կենդանի օրգանիզմների մոտ տարբեր է, օրինակ՝ Caenorhabditis elegans նեմատոդի մոտ մեթիլացում ընդհանրապես չի նկատվում, իսկ ողնաշարավորների մոտ հայտնաբերվել է մինչև 1% մեթիլացում[21]։

5-մեթիլցիտոզինը կարող է կորցնել ամինո- խումբը (դեամինացում) և վերածվի թիմինի։ Դրա համար ցիտոզինի մեթիլացումը միաժամանակ նաև մուտացիաների թվի մեծացման աղբյուր է[22]։

Նուկլեոտիդների այլ ձևափոխությունների թվին են պատկանում ադենինի մեթիլացումը բակտերիաների մոտ և ուրացիլի գլիկոզիլացումը կինետոպլաստներում «J-հիմքերի» առաջացմամբ[23]։

ԴՆԹ-ի վնասվածքները[խմբագրել]

    1rightarrow.png Հիմնական հոդված՝ Մուտացիա

ԴՆԹ-ն կարող է վնասվել տարբեր մուտագենների ազդեցությամբ, որոնցից են օքսիդացնող և ալկիլացնող միացությունները, ինչպես նաև իոնացնող ճառագայթումը՝ ուլտրամանուշակագույն և ռենտգենյան ճառագայթումը։ ԴՆԹ-ի վնասման տեսակը կախված է մուտագենի տիպից։ Օրինակ՝ ուլտրամանուշակագույն ճառագայթումը ԴՆԹ-ն վնասում է դիմեր թիմինների առաջացմամբ, որոնք ի հայտ են գալիս հանդիպակաց հիմքերի միջև ձևավորվող կովալենտ կապերի արդյունքում[24]։

Ազատ ռադիկալները և ջրածնի պերօքսիդը, որոնք օքսիդանտներ են, առաջ են բերում ԴՆԹ-ի մի քանի տեսակի վնասվածքներ՝ հիմքերի հատկապես գուանոզինի ձևափոխություններ, ինչպես նաև ԴՆԹ-ում երկու շղթաների խզումներ[25]։ Որոշ տվյալների համաձայն մարդու յուրաքանչյուր բջջում ամեն օր օքսիդացնող միացությունների ազդեցությամբ վնասվում են շուրջ 500 նուկլեոտիդներ[26][27]։ Վնասվածքներից առավել վտանգավոր են երկու շղթաների խզումները, քանի որ դրանք դժվար են վերականգնվում ռեպարացիայի միջոցով և կարող են պատճառ հանդիսանալ քրոմոսոմի հատվածների կորստին՝ դելեցիայի և տրանսլոկացիայի։

Մուտագենների շատ մոլեկուլներ ներդրվում են (ինտերկալացվում) երկու շղթաների միջև։ Այս միացությունների մեծ մասն ունեն արոմատիկ օղակ։ Ինտերկալացվող միացությունները խախտում են կրկնակի պարույրը, խզում երկու շղթաների միջև գոյություն ունեցող կապերը։ Այս փոփոխություններն առաջ են բերում ԴՆԹ-ի տրանսկրիպցիայի և ռեպլիկացիայի խախտումներ և պատճառ հանդիսանում մուտացիաների։ Ինտերկալացվող միացությունները հաճախ կանցերոգեններ են, որոնցից ամենից հայտնի են բենզոպիրենը, ակրիդինը, աֆլատոքսինը և էտիդիումը[28][29][30]։ Այս միացություններն օգտագործվում են բժշկության մեջ՝ քիմիոթերապիայում քաղցկեղի արագ աճող բջիջների ճնշման համար[31]։

Գերպարուրվածություն[խմբագրել]

Եթե բռնենք պարանի երկու ծայրերից և սկսենք ձգել տարբեր կողմել, պարանը կկարճանա և պարանի վրա կառաջանա գերպարուրված հատված։ Հենց նույն կերպ էլ ԴՆԹ-ն կարող է գերպարուրված դառնալ։ Նորմալ պայմաններում ԴՆԹ-ի շղթայի 1 պտույտի երկարություն 10,4 հիմք է, բայց գերպարուրված վիճակներում այդ թիվը կարող է ավելի փոքրանալ[32]։

Տարբերում են գերպարուրվածության երկու տեսակ՝ դրական՝ նորմալ պարույրների ուղղությամբ, որի դեպքում պարույրներն ավելի խիտ են դասավորված և բացասական՝ երբ պարույրները հակառակ են։ Բնության մեջ ԴՆԹ-ի մոլեկուլները հաճախ գտնվում են հակառակ գերպարուրված վիճակներում՝ ԴՆԹ-ի տրանսկրիպցիայի և ռեպլիկացիայի ժամանակ։ Տոպոիզոմերազները հատուկ ֆերմենտներն են, որոնք ուղղում են ԴՆԹ-ի այդպիսի գերպարուրված վիճակները[33]։

Թելոմերների կառուցվածքը: Կանաչ գույնով ցույց է տրված մետաղի իոնը:[34]

Քրոմոսոմի ծայրային կառույցներ[խմբագրել]

    1rightarrow.png Հիմնական հոդված՝ Թելոմերներ

Գծաձև քրոմոսոմների ծայրերում գտնվում են ԴՆԹ-ի հատուկ մասնագիտացած կառույցներ, որոնք անվանվում են թելոմերներ։ Այդ հատվածների հիմնական նշանակությունը քրոմոսոմների ամբողջականության պահպանումն է[35], ԴՆԹ-ի ծայրերի պաշտպանումը էնդոնուկլեազների ազդեցությունից և ռեպարացիայի համակարգի ակտիվացման արգելակումը[36]։ Քանի որ սովորական ԴՆԹ պոլիմերազները չեն կարողանում կրկնապատկել քրոմոսոմների 3' ծայրերը դա իրականացնում են հատուկ ֆերմենտներ՝ թելոմերազներ։

Մարդու բջիջներում թելոմերները հաճախ ներկայացված են միաշղթա ԴՆԹ-ի հատվածներով, և կազմված են մի քանի հազար կրկնվող TTAGGG նուլկեոտիդային հաջորդականություններից[37]։ Այս հաջորդականությունները մեծ քանակով գուանինի պարունակության շնորհիվ կայունացնում են քրոմոսոմի ծայրային հատվածները՝ առաջացնելով G-կվադրուպլեքսներ կոչվող կառույցներ։ 4 գուանինային հիմքերը, որոնց բոլոր ատոմները գտնվում են նույն հարթության վրա, առաջացնում են թիթեղիկ, որը պահպանվում է հիմքերի միջև գոյություն ունեցող ջրածնական կապերի և նրանց կենտրոնում հելանտացվող մետաղի իոնի (հիմնականում կալիում) շնորհիվ։ Այս թիթեղիկները մետաղադրամների պես դասավորվում են մեկը մյուսի վրա[38]։

Քրոմոսոմների ծայրերին կարող են առաջանալ նաև այլ կառույցներ. հիմքերը կարող են դասավորվել մեկ շղթայով կամ էլ տարբեր զուգահեռ շղթաներով։ Թելոմերները առաջացնում են նաև նաև հանգույցաձև կառույցներ, որոնք անվանվում են T-հանգույցներ կամ թելոմերային հանգույցներ[39]։ T-հանգույցի ծայրում միաշղթա թելոմերային ԴՆԹ-ն միանում է երկշղթա ԴՆԹ-ին՝ առաջացնելով եռաշղթա գոյացություններ, որոնք անվանվում են D-հանգույցներ (անգլ.՝ displacement loop)[38]։

Կենսաբանական նշանակությունը[խմբագրել]

ԴՆԹ-ն գենետիկական ինֆորմացիայի կրողն է,որը ծածկագրված է նուկլեոտիդային հաջորդականության՝ գենետիկական ծածկագրի միջոցով։ ԴՆԹ-ի մոլեկուլի հետ է կապված կենդանի օրգանիզմների երկու կարևոր հատկություն՝ ժառանգականությունը և փոփոխականությունը։ ԴՆԹ-ի ռեպլիկացիայի ընթացքում առաջանում է մայրական շղթայի երկու կրկնօրինակ, որոնք ժառանգվում են դուստր բջիջների կողմից՝ բջջի բաժանման ժամանակ։ Այսպիսով, առաջացած երկու բջիջները մայրական բջջի գենետիկական կրկնօրինակներն են։

Գենետիկական ինֆորմացիան արտահայտվում է գեների էքսպրեսիայի ընթացքում տրանսկրիպցիայի և տրանսլյացիայի պրոցեսների ընթացքում։ Նուկլեոտիդների հաջորդականությունը «կոդավորում է» տարբեր տեսակի ՌՆԹ-ների մասին տեղեկատվություն՝

  • ինֆորմացիոն կամ մատրիցային ՌՆԹ (իՌՆԹ կամ մՌՆԹ) - պարունակում է տեղեկատվություն սպիտակուցում ամինաթթուների դասավորության մասին
  • ռիբոսոմային ՌՆԹ (ռՌՆԹ) - ռիբոսոմների հիմքն են հանդիսանում
  • փոխադրող ՌՆԹ (փՌՆԹ) - տեղափոխում է ամինաթթուները դեպի սպիտակուցների սինթեզի շրջան՝ ռիբոսոմի ակտիվ կենտրոն։

Գենոմի կառուցվածքը[խմբագրել]

    1rightarrow.png Հիմնական հոդվածներ՝ Գենոմ, Գեն և Քրոմոսոմ
Բակտերիոֆագի գենոմի ԴՆԹ-ն՝ էլեկտրոնային մանրադիտակի տակ

Բնության մեջ հանդիպող ԴՆԹ-ների ճնշող մեծամասնությունը երկշղթա են և գծաձև (էուկարիոտներ, որոշ վիրուսներ և առանձին բակտերիաներ) կամ օղակաձև (պրոկարիոտներ, քլորոպաստներ և միտոքոնդրիումներ)։ Միաշղթա գծաձև ԴՆԹ են պարունակում որոշ վիրուսներ և բակտերիոֆագեր։ In vivo ԴՆԹ-ի մոլեկուլները գնտվում են փաթեթավորված և կոնդենսացված վիճակում[40]։ Էուկարիոտների բջջում ԴՆԹ-ն գտնվում է մեծամասամբ կորիզում՝ քրոմոսոմների հավաքակազմի տեսքով։ Բակտերիալ ԴՆԹ հաճախ ներկայացված է մեկ օղակաձև ԴՆԹ-ի մոլեկուլով, որը տեղակայված է ցիտոպլազմայում և անվանվում է նուլեոտիդ[41]։

Գենոմի գենետիկական ինֆորմացիան կազմված է գեներից։ Գենը ժառանգական տեղեկատվության միավորն է, այն տրանսկրիպցվում է, ազդում է օրգանիզմի որևէ հատկանիշի վրա, պարունակում է տեղեկատվություն սպիտակուցի առաջնային կառուցվածքի մասին, ինչպես նաև կարգավորիչ հաջորդականություններ՝ պրոմոտորներ, էնհանսերներ, որոնք կարգավորում են ծածկագրող հատվածի էքսպրեսիան։

Շատ տեսակների մոտ գենոմի միայն շատ քիչ հատվածն է կոդավորում սպիտակուցներ։ Այսպես օրինակ, մարդու գենոմի միայն 1,5 %-ն է կազմված սպիտակուց ծածկագրող էկզոններից, իսկ 50 %-ից ավելին կազմված է չծածկագրող ԴՆԹ-ի կրկնվող հաջորդականություններից[42]։ Էուկարիոտների գենոմում մեծ քանակով չծածկագրող հաջորդականությունների առկայության և գենոմի հսկայական չափերի (համեմատած պրոկարիոտների հետ) պատճառը (C-արժեք) դեռևս չբացահայտված գիտական առեղծվածներից մեկն է[43]։ Գենոմում հայտնաբերված են նաև մեծ թվով վիրուսային հաջորդականություններ։

Գենոմի սպիտակուց չծածկագրող հաջորդականությունները[խմբագրել]

Ներկայումս գոյություն ունեն շատ տվյալներ, որոնք կասկածի տակ են առնում ԴՆԹ-ի անպետք հատվածների («թափոնային ԴՆԹ» (անգլ.՝ junk DNA)) առկայության փաստը։

Թելոմերները և ցենտրոմերները պարունակում են քիչ թվով գեներ, սակայն նրանք մեծ նշանակություն ունեն գեների ակտիվության և կայունացման գործում[36][44]։ Հաճախ հանդիպում են նաև մարդու գենոմի չծածկագրող հաջորդականություններ՝ պսևդոգեներ, որոնք մուտացիայի արդյունքում ինակտիվացված գեներ են[45]։ Այդ հաջորդականություններն իրենցից ներկայացնում են «մոլեկուլային բրածոներ», չնայած դրանք կարող են հանդիսանալ նաև դուպլիկացիայի և դիվերգենցիայի սկզբնական նյութը [46]։

Օրգանիզմում սպիտակուցների բազմազանության մյուս աղբյուրը սփլայսինգի ժամանակ ինտրոնների օգտագործումն է որպես «կտրման և սոսնձման հատվածներ»[47]։

Եվ վերջապես, չծածկագրող հատվածները կարող են ինֆորմացիա պարունակել լրացուցիչ բջջային ՌՆԹ-ների մասին (օրինակ՝ կարճ կորիզային ՌՆԹ-ներ)[48]։

Մարդու տրանսկրիպցիայի վերջերս կատարված հետազոտությունները ցույց են տվել, որ գենոմի միայն 10 %-ն է սկիզբ տալիս պոլիադելինացված ՌՆԹ-ներին[49], իսկ այս թիվը մկների մոտ 62 % է[50]։

Տրանսկրիպցիա և տրանսլյացիա[խմբագրել]

ԴՆԹ-ի ռեպլիկացիան: Կրկնակի պարույրը ապապարուրվում է հելիկազի և տոպոիզոմերազի օգնությամբ: Ապա գործի են անցնում ԴՆԹ պոլիմերազները ուղիղ և հակառակ ուղղությամբ: Հակառակ շղթայում ռեպլիկացիան տեղի է ունենում կտրտված, առաջանում են Օկազակիի հատվածները, որոնք հետագայում միացվում են ԴՆԹ լիգազների օգնությամբ:

ԴՆԹ-ում ծածկագրված գենետիկական տեղեկատվությունը պետք է ինչ-որ կերպ կարդացվի և արտահայտվի բջջի կազմության մեջ մտնող կենսապոլիմերների սինթեզով։ ԴՆԹ-ի շղթաների նուկլեոտիդների հաջորդականությունը ուղղակիորեն որոշում է ՌՆԹ-ում նուկլեոտիդների հաջորդականությունը։ Վերջինս «արտագրվում է» ԴՆԹ-ի կաղապարի հիման վրա՝ տրանսկրիպցիայի ընթացքում։ իՌՆԹ-ի դեպքում նուկլեոտիդների հաջորդականությունը որոշում է ամինաթթուների հաջորդականությունը։ իՌՆԹ-ում հիմքերի և սպիտակուցում ամինաթթուների հաջորդականությունների միջև եղած փոխհարաբերությունը որոշվում է տրանսլյացիայի կանոններով, որոնք անվանվում են գենետիկական ծածկագիր։ Գենետիկական ծածկագիրը կազմված է 3 տառերից՝ կոդոններից, որոնք կազմված են 3 նուկլեոտիդից (օրինակ՝ ACU CAG UUU և այլն)։

Տրանսկրիպցիայի ժամանակ գենի նուկլեոտիդները արտագրվում են սինթեզվող ՌՆԹ-ի վրա ՌՆԹ պոլիմերազի միջոցով։ իՌՆԹ-ի դեպքում այս հաջորդականությունը կարդացվում է ռիբոսոմի միջոցով, որը կարդում է ծածկագիրը և ապահովում իՌՆԹ-ի և ամինաթթուներին միացած փՌՆԹ-ի միջև կապերի առաջացումը։ Եռանիշ կոդի ծածկագրման համար օգտագործվում են 4 տարբեր նուլկեոտիդներ, այսինքն հնարավոր է 64 տարբեր զուգորդություններ (4³ կոմբինացիաներ)։ 64 կոդոններից 20-ը կոդավորվում է ամինաթթուների կողմից, որոնցից յուրաքանչյուրը կարող է ծածկագրվել մեկից ավելի անգամ։ իՌՆԹ-ի ծայրում գտնվող որոշ կոդոններ ցույց են տալիս սպիտակուցի ավարտը և անվանվում են «ստոպ կոդոններ»՝ UAA, UGA, UAG։

Ռեպլիկացիա[խմբագրել]

    1rightarrow.png Հիմնական հոդված՝ Ռեպլիկացիա

Բջիջների բաժանումն անհրաժեշտ է միաջիջ օրգանիզմների բազմացման և բազմաբջիջ օրգանիզմների աճման համար, բայց մինչ բջջի բաժանումը անհրաժեշտ է, որ կրկնապատկվի գենոմը, որպեսզի յուրաքանչյուր դուստր բջիջ պարունակի մայրական բջջին հատուկ գենետիկական ինֆորմացիան։ ԴՆԹ-ի կրկնապատկման մի քանի հնարավոր եղանակներից իրականանում է պոլիկոնսերվատիվ ուղին։ Երկու շղթաներն առանձնանում են և ապա յուրաքանչյուր շղթայի դիմաց ԴՆԹ պոլիմերազի օգնությամբ տեղի է ունենում կոմպլիմենտար շղթաների սինթեզը։ ԴՆԹ պոլիմերազը չի կարող ստեղծել նոր շղթա, այլ միայն երկարացնել արդեն գոյություն ունեցողները. այս պատճառով անհրաժեշտ են ԴՆԹ-ի կարճ հատվածներ (պրայմերներ), որոնք ամենասկզբում կմիանան շղթային, և ապա նոր ԴՆԹ պոլիմերազը կսկսի երկարացնել պոլինուկլեոտիդային շղթան։ Պրայմերների ստեղծումն իրականացվում է պրայմազա ֆերմենտի օգնությամբ։ ԴՆԹ պոլիմերազը շղթան կառուցում է միայն 5' --> 3' ուղղությամբ, այս պատճառով հակառակ շղթայի սինթեզի համար գործում են տարբեր մեխանիզմներ[51]։

Սպիտակուցների հետ փոխհարաբերությունը[խմբագրել]

STAT3 տրանսկրիպցիոն ֆակտորի փոխհարաբերությունը ԴՆԹ-ի հետ (ԴՆԹ ցույց է տրված կապույտ պարույրի տեսքով)

ԴՆԹ-ի բոլոր ֆունկցիաները կապված են սպիտակուցների հետ փոխհարաբերություններից։ Այս փոխհարաբերւթյունները կարող են լինել ոչ յուրահատուկ, երբ սպիտակուցը միանում է ԴՆԹ-ի ցանկացած մոլեկուլին և յուրահատուկ՝ կախված որոշակի հաջորդականությունների առկայությունից։ Ֆերմենտները նույնպես կարող են փոխազդեցության մեջ մտնել ԴՆԹ-ի հետ. դրանցից առավել կարևոր են ՌՆԹ-պոլիմերազները, որոնք իրականացնում են ԴՆԹ-ի մատրիքսի հիման վրա ՌՆԹ-ի սինթեզը։

Կառուցվածքային և կարգավորիչ սպիտակուցներ[խմբագրել]

    1rightarrow.png Հիմնական հոդված՝ Հիստոններ
Նուկլեոսոմների կազմության մեջ մտնող հիստոնային սպիտակուցների կազմավորման սխեմատիկ պատկերը

ԴՆԹ-ի մոլեկուլը ոչ յուրահատուկ փոխհարաբերություններ է առաջացնում կառուցվածքային սպիտակուցների հետ։ Բջջում ԴՆԹ-ն կապված է այս սպիտակուցների հետ, որոնց միջոցով էլ փաթեթավորվում է և ձևավորում քրոմատինը։ Էուկարիոտների մոտ քրոմատինը ձևավորվում է հատուկ սպիտակուցների՝ հիստոնների մասնակցությամբ, պորկարիոտների ավելի թույլ փաթեթավորված քրոմատինը պարունակում է հիստոն հիշեցնող սպիտակուցներ[52][53]։

Հիստոններն առաջացնում են սկավառակաձև սպիտակուցային կառույց՝ նուկլեոսոմա, որոնց յուրաքանչյուրի շուրջը ԴՆԹ-ն կատարում է 2 պտույտ։ ԴՆԹ-ի և հիստոնների միջև ոչ յուրահատուկ փոխազդեցություններն առաջանում են իոնային կապերի շնորհիվ[54]։

Հիստոնների և ԴՆԹ-ի միջև փոխազդեցությունը ազդում է տարբեր տրանսկրիպցիոն ֆակտորների համար գեների հասանելիության վրա և փոփոխում տրանսկրիպցիայի արագությունը[55][56]։

Քրոմատինի մյուս ոչ յուրահատուկ սպիտակուցները (ոչ հիստոնային սպիտակուցներ) ունեն բարձր շարժունություն[57] և մասնակցում են քրոմատինի ավելի բարձր փաթեթավորման մակարդակների ստեղծմանը[58]։

Որոշ ոչ յուրահատուկ սպիտակուցների ֆունկցիան կապված է միաշղթա ԴՆԹ-ի կայունացման հետ։ Օրինակ՝ ռեպլիկացիոն A սպիտակուցը, առանց որի անհնար է ռեպլիկացիայի և ռեպարացիայի ընթացքը, քանի որ այն կայունացնում է միաշղթա ԴՆԹ-ն[59]։

Գոյություն ունեն նաև այնպիսի սպիտակուցներ, որոնք միանում են ԴՆԹ-ի միայն որոշակի հաջորդականություններին։ Այս սպիտակուցները առավելապես ունեն կարգավորիչ նշանակություն։ Առավել լավ ուսումնասիրված են տրանսկրիպցիոն ֆակտորները, որոնցից յուրաքանչյուրը ճանաչում է իր հաջորդականությունը պրոմոտորում և ճնշում կամ խթանում տրանսկրիպցիայի պրոցեսը[60]։

ԴՆԹ-ն ձևափոխող ֆերմենտներ[խմբագրել]

ԴՆԹ-լիգազ I սոսնձում է ԴՆԹ-ի վնասված շղթան

Տոպոիզոմերազներ և հելիկազներ[խմբագրել]

Բջջում ԴՆԹ-ն գտնվում է փաթեթավորված և գերպարուրված վիճակում։ Կենսագործունեության համար անհրաժեշտ պրոցեսների իրականացման համար ԴՆԹ-ն պետք է ապապարուրվի, որն էլ իրականանում է 2 ֆերմենտների՝ տոպոիզոմերազների և հելիկազների միջոցով։

Տոպոիզոմերազներն ունեն նուկլեազային և լիգազային ակտիվություն։ Նրանք փոփոխում են ԴՆԹ-ի գերպարուրված վիճակները՝ մեկ կամ երկու շղթայի խզման միջոցով[61]։

Տոպոիզոմերազներն անհրաժեշտ են շատ պրոցեսների այդ թվում ռեպլիկացիայի և տրանսկրիպցիայի համար։ Հելիկազները մոլեկուլային շարժիչներ համարվող սպիտակուցներ են։ Այս ֆերմենտներն օգտագործում են նուկլեոտիդֆոսֆատների և ավելի հաճախ ադենոզինեռֆոսֆատների (ԱԵՖ) քիմիական էներգիան և խզում ԴՆԹ-ի երկու շղթաների միջև գոյություն ունեցող ջրածնական կապերը[62]։

Նուկլեազներ և լիգազներ[խմբագրել]

ԴՆԹ-ի ռեկոմբինացիայի կամ ռեպարացիայի պրոցեսներին մասնակցում են այնպիսի ֆերմենտներ, որոնք կարող են կտրել և ապա վերականգնել ԴՆԹ-ի շղթան։ ԴՆԹ-ն քայքայող ֆերմենտներն անվանվում են նուկլեազներ։ Տարբերում են 2 տեսակի նուկլեազներ՝ էկզոնուկլեազներ, որոնք հիդրոլիզում են ԴՆԹ-ի մոլեկուլի ծայրերին գտնվող նուլեոտիդները և էնդոնուկլեազներ, որոնք ԴՆԹ-ի շղթան խզում են միջին հատվածներում։ Լիգազները ԴՆԹ-ի շղթայի խզված տարբեր հատվածները միմյանց «սոսնձող» ֆերմենտներն են։

Պոլիմերազներ[խմբագրել]

Պոլինուկլեոտիդային շղթան սինթեզող ֆերմենտներն անվանվում են պոլիմերազներ։ Այս ֆերմենտները նուկլեոտիդները միացնում են շղթային 3' ծայրի հիդրօքսիլ (OH) խմբին՝ 5' --> 3' ուղղությամբ[63]։ Տարբերում են մի քանի տեսակի պոլիմերազներ։ ԴՆԹ-ի ռեպլիկացիային մասնակցում է ԴՆԹ-կախյալ ԴՆԹ-պոլիմերազը։ Բացի նուկլեոտիդային շղթայի սինթեզից, շատ պոլիմերազներ ունեն նաև ռեպարացիոն հատկություններ և կարողանում են ուղղել սխալ ռեպլիկացված նուկլեոտիդները։ Օրգանիզմների մեծամասնության մոտ ԴՆԹ-պոլիմերազներն գործում են ընդհանուր կոմպլեքսի՝ ռեպլիսոմայի տեսքով, որը պարունակում է բազմաթիվ լրացուցիչ ենթամիավորներ, ինչպիսին օրինակ հելիկազներն են[64]։ ՌՆԹ-կախյալ ԴՆԹ-պոլիմերազները պոլիմերազների հատուկ տեսակ են, որոնք ՌՆԹ-ի մատրիքսի վրա սինթեզում են ԴՆԹ։ Այս ֆերմենտը հանդիպում է հակառակ տրանսկրիպտող վիրուսների մոտ։ Այս ֆերմենտների դասին է պատկանում նաև թելոմերազան[65]։

Տրանսկրիպցիայի պրոցեսն իրականանում է ԴՆԹ-կախյալ ՌՆԹ-պոլիմերազի միջոցով, որը ԴՆԹ-ի կաղապարի հիման վրա սինթեզում է ՌՆԹ[66]։

Գենետիկական ռեկոմբինացիա[խմբագրել]

Holliday Junction.svg
Holliday junction coloured.png
Հոլիդեյի միացման (Holiday junction) կառուցվածքը։ ԴՆԹ-ի 4 առանձնացված շղթաները ներկված են կարմիր, կապույտ և դեղին գույներով։[67]
Ռեկոմբինացիան տեղի է ունենում (M) և (F) քրոմոսոմների ֆիզիկական խզման և վերջիններիս երկու նոր քրոմոսոմների՝ (C1) և (C2) ձևավորման արդյունքում:<

ԴՆԹ-ի երկպարույրը սովորաբար փոխհարաբերության մեջ չի մտնում ԴՆԹ-ի այլ հատվածների հետ. մարդու բջիջներում քրոմոսոմները ֆիզիկապես առանձնացված են մեկը մյուսից[68]։ Քրոմոսոմների այսպիսի մեկուսացումը կարևոր է ԴՆԹ-ի ֆունկցիոնալ ակտիվության պահպանման համար։ Քրոմոսոմների փոխհարաբերության հազվադեպ եղանակներից է կրոսինգովերը, որի ժամանակ տեղի է ունենում գենետիկական ռեկոմբինացիա։ Կրոսինգովերի ժամանակ տեղի է ունենում 2 ԴՆԹ-ի երկպարույրների խզում, մասերի փոխանակում և ապա վերամիավորում։

Ռեկոմբինացիան թույլ է տալիս փոխանակել գենետիկական տեղեկատվությունը և ստանալ գեների նոր համակցություններ, որը բարձրացնում է բնական ընտրության արդյունավետությունը և կարող է կարևոր դեր խաղալ նոր սպիտակուցների արագ էվոլյուցիայում[69]։ Գենետիկական ռեկոմբինացիան կարող է որոշակի դեր խաղալ նաև ԴՆԹ-ի ռեպարացիայում, հատկապես շղթայի կրկնակի խզումների հանդեպ բջջի պատասխանի իրականացման գործում։[70]

Կրոսինգովերի ամենատարածված եղանակը հանդիպում է հոմոլոգ քրոմոսոմների ռեկոմբինացիայում, երբ երկու հոմոլոգ քրոմոսոմներ փոխանակում են շատ նման հաջորդականություններ։ Ոչ հոմոլոգ քրոմոսոմների կրոսինգովերը, կարող է վնասել բջիջները, քանի որ դրա արդյունքում կարող են առաջանալ գենետիկական անոմալիաներ և քրոմոսոմների տրանսլոկացիաներ։ Ռեկոմբինացիայի պրոցեսը կատալիզում են ռեկոմբինազ ֆերմենտները, որոնցից է օրինակ՝ RAD51-ը[71] ։

Ռեկոմբինացիան սկսվում է ԴՆԹ-ի երկպարույրի կրկնակի խզմամբ, որը իրականացնում են էնդոնուկլեազները[72]։ Ռեկոմբինազը ապա միացնում է երկու պարույրներն այնպես, որ առաջանում է խաչաձև մի կառույց, որը անվանում են Հոլիդեյի միացում (անգլ.՝ Holiday junction)։ Վերջում տեղի է ունենում Հոլիդեյի միացման վերադասավորություն, ԴՆԹ-ի երկպարույրների վերականգնում[73]։

Էվոլյուցիա[խմբագրել]

1rightarrow.png  Տես նաև ՌՆԹ աշխարհի տեսություն 

ԴՆԹ-ն պարունակում է գենետիկական տեղեկատվություն, որը թույլ է տալիս կենդանի օրգանիզմներին աճել, բազմանալ և իրականացնել իրենց կենսագործունեությունը։ Չնայած այս ամենին, դեռևս պարզ չէ, թե ինչպես է ԴՆԹ-ն ձեռք բերել այս ֆունկցիան կյանքի գոյության 4 միլիարդ տարվա ընթացքում, քանի որ ենթադրություններ կան, որ կյանքի ամենավաղ փուլերում, գենետիկական տեղեկատվության պահպանման համար օգտագործել են ՌՆԹ-ի մոլեկուլները[74][75]։ ՌՆԹ-ն հնարավոր է, որ ունեցել է կենտրոնական դեր առաջին բջիջների նյութափոխանակության գործում, քանի որ այն կարող է պահպանել տեղեկատվությունը և միաժամանակ ցուցաբերել ֆերմենտատիվ ակտիվություն, հանդես գալով որպես ռիբոզիմ[76]։ Հենց այսպիսի ՌՆԹ կյանքն էլ, որտեղ ՌՆԹ-ն կարող էր օգտագործվել ինչպես ժառանգականության, այնպես էլ կատալիզի պրոցեսներում, հնարավոր է, որ էվոլյուցիայի ընթացքում ազդել է 4 նուկլեոտիդներով գենետիկական ծածկագրի գաղտնագրման վրա[77]։

Սակայն այսպիսի կյանքի գոյության ուղղակի ապացույցներ գոյություն չունեն, քանի որ բրածո մնացորդների մեծամասնությունից ԴՆԹ-ի վերականգնումն անհնար է։ ԴՆԹ-ն արտաքին միջավայրում պահպանվում է 1 միլիոն տարուց ավելի քիչ և ապա դանդաղ տրոհվում ավելի կարճ հատվածների[78]։

Որոշ հետազոտողներ պնդում են, որ կարողացել են 250 միլիոն տարի հնությամբ աղի բյուրեղի բակտերիաներից անջատել ԴՆԹ-ի հնագույն նմուշներ[79], սակայն այս հետազոտությունները շատ հակասական են[80][81]։

2011 թվականի օգոստոսի 8-ին, ՆԱՍԱ-ի կողմից երկրի վրա ընկած երկնաքարերի ուսումնասիրության արդյունքում, ենթադրվեց, որ ԴՆԹ-ի նուկլեոտիդները (ադենին, գուանին և նման օրգանական մոլեկուլները) հնարավոր է, որ ունեցել են ոչ երկրային ծագում[82][83][84]։

Ծանոթագրություններ[խմբագրել]

  1. «Մարդու զարգացման շնորհքը. ԴՆԹ»։ http://www.ehd.org/movies.php?mov_id=2&language=5։ Վերցված է 2009-06-08։ 
  2. Ռասել, Պիտեր (2001)։ iԾագումնաբանություն (անգլերեն)։ Նյու Յորք: Benjamin Cummings։ ISBN 0-805-34553-1։ 
  3. Dahm R (2005). «Friedrich Miescher and the discovery of DNA». Dev Biol 278 (2): 274–88. PMID 15680349. 
  4. Hershey A, Chase M (1952). «Independent functions of viral protein and nucleic acid in growth of bacteriophage». J Gen Physiol 36 (1): 39–56. PMID 12981234. http://www.jgp.org/cgi/reprint/36/1/39.pdf. 
  5. 5,0 5,1 Watson J, Crick F (1953). «Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid». Nature 171 (4356): 737 – 8. PMID 13054692. http://profiles.nlm.nih.gov/SC/B/B/Y/W/_/scbbyw.pdf. 
  6. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1962 Nobelprize .org Accessed 22 Dec 06
  7. Alberts, Bruce; Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, and Peter Walters (2002)։ Molecular Biology of the Cell; Fourth Edition։ New York and London: Garland Science։ ISBN 0-8153-3218-1։ 
  8. Butler, John M. (2001) Forensic DNA Typing «Elsevier». pp. 14 — 15. ISBN 978-0-12-147951-0
  9. 9,0 9,1 Berg J., Tymoczko J. and Stryer L. (2002) Biochemistry. W. H. Freeman and Company ISBN 0-7167-4955-6
  10. Abbreviations and Symbols for Nucleic Acids, Polynucleotides and their Constituents IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature (CBN) Accessed 03 Jan 2006
  11. Takahashi I, Marmur J. (1963). «Replacement of thymidylic acid by deoxyuridylic acid in the deoxyribonucleic acid of a transducing phage for Bacillus subtilis». Nature 197: 794 – 5. PMID 13980287. 
  12. Agris P (2004). «Decoding the genome: a modified view». Nucleic Acids Res 32 (1): 223 – 38. PMID 14715921. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=14715921. 
  13. Ghosh A, Bansal M (2003). «A glossary of DNA structures from A to Z». Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 59 (Pt 4): 620 – 6. PMID 12657780. 
  14. Mandelkern M, Elias J, Eden D, Crothers D (1981). «The dimensions of DNA in solution». J Mol Biol 152 (1): 153 – 61. PMID 7338906. 
  15. Wing R, Drew H, Takano T, Broka C, Tanaka S, Itakura K, Dickerson R (1980). «Crystal structure analysis of a complete turn of B-DNA». Nature 287 (5784): 755 – 8. PMID 7432492. 
  16. Pabo C, Sauer R. «Protein-DNA recognition». Annu Rev Biochem 53: 293 – 321. PMID 6236744. 
  17. Clausen-Schaumann H, Rief M, Tolksdorf C, Gaub H (2000). «Mechanical stability of single DNA molecules». Biophys J 78 (4): 1997–2007. PMID 10733978. http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=1300792&blobtype=pdf. 
  18. Chalikian T, Völker J, Plum G, Breslauer K (1999). «A more unified picture for the thermodynamics of nucleic acid duplex melting: a characterization by calorimetric and volumetric techniques». Proc Natl Acad Sci U S A 96 (14): 7853–8. PMID 10393911. http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=22151&blobtype=pdf. 
  19. PDB 1JDG
  20. Klose R, Bird A (2006). «Genomic DNA methylation: the mark and its mediators». Trends Biochem Sci 31 (2): 89 – 97. PMID 16403636. 
  21. Bird A (2002). «DNA methylation patterns and epigenetic memory». Genes Dev 16 (1): 6 – 21. PMID 11782440. 
  22. Walsh C, Xu G. «Cytosine methylation and DNA repair». Curr Top Microbiol Immunol 301: 283 – 315. PMID 16570853. 
  23. Gommers-Ampt J, Van Leeuwen F, de Beer A, Vliegenthart J, Dizdaroglu M, Kowalak J, Crain P, Borst P (1993). «beta-D-glucosyl-hydroxymethyluracil: a novel modified base present in the DNA of the parasitic protozoan T. brucei». Cell 75 (6): 1129 – 36. PMID 8261512. 
  24. Douki T, Reynaud-Angelin A, Cadet J, Sage E (2003). «Bipyrimidine photoproducts rather than oxidative lesions are the main type of DNA damage involved in the genotoxic effect of solar UVA radiation». Biochemistry 42 (30): 9221 – 6. PMID 12885257. 
  25. Cadet J, Delatour T, Douki T, Gasparutto D, Pouget J, Ravanat J, Sauvaigo S (1999). «Hydroxyl radicals and DNA base damage». Mutat Res 424 (1 – 2): 9 – 21. PMID 10064846. 
  26. Shigenaga M, Gimeno C, Ames B (1989). «Urinary 8-hydroxy-2′-deoxyguanosine as a biological marker of in vivo oxidative DNA damage». Proc Natl Acad Sci U S A 86 (24): 9697 – 701. PMID 2602371. http://www.pnas.org/cgi/reprint/86/24/9697. 
  27. Cathcart R, Schwiers E, Saul R, Ames B (1984). «Thymine glycol and thymidine glycol in human and rat urine: a possible assay for oxidative DNA damage». Proc Natl Acad Sci U S A 81 (18): 5633 – 7. PMID 6592579. http://www.pnas.org/cgi/reprint/81/18/5633.pdf. 
  28. Ferguson L, Denny W (1991). «The genetic toxicology of acridines». Mutat Res 258 (2): 123 – 60. PMID 1881402. 
  29. Jeffrey A (1985). «DNA modification by chemical carcinogens». Pharmacol Ther 28 (2): 237 – 72. PMID 3936066. 
  30. Stephens T, Bunde C, Fillmore B (2000). «Mechanism of action in thalidomide teratogenesis». Biochem Pharmacol 59 (12): 1489 – 99. PMID 10799645. 
  31. Braña M, Cacho M, Gradillas A, de Pascual-Teresa B, Ramos A (2001). «Intercalators as anticancer drugs». Curr Pharm Des 7 (17): 1745 – 80. PMID 11562309. 
  32. Benham C, Mielke S (2005). «DNA mechanics». Annu Rev Biomed Eng 7: 21–53. PMID 16004565. 
  33. Wang J (2002). «Cellular roles of DNA topoisomerases: a molecular perspective». Nat Rev Mol Cell Biol 3 (6): 430–40. PMID 12042765. 
  34. Created from NDB UD0017
  35. Greider C, Blackburn E (1985). «Identification of a specific telomere terminal transferase activity in Tetrahymena extracts». Cell 43 (2 Pt 1): 405–13. PMID 3907856. 
  36. 36,0 36,1 Nugent C, Lundblad V (1998). «The telomerase reverse transcriptase: components and regulation». Genes Dev 12 (8): 1073–85. PMID 9553037. http://www.genesdev.org/cgi/content/full/12/8/1073. 
  37. Wright W, Tesmer V, Huffman K, Levene S, Shay J (1997). «Normal human chromosomes have long G-rich telomeric overhangs at one end». Genes Dev 11 (21): 2801–9. PMID 9353250. http://www.genesdev.org/cgi/content/full/11/21/2801. 
  38. 38,0 38,1 Burge S, Parkinson G, Hazel P, Todd A, Neidle S (2006). «Quadruplex DNA: sequence, topology and structure». Nucleic Acids Res 34 (19): 5402–15. PMID 17012276. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=17012276. 
  39. Griffith J, Comeau L, Rosenfield S, Stansel R, Bianchi A, Moss H, de Lange T (1999). «Mammalian telomeres end in a large duplex loop». Cell 97 (4): 503–14. PMID 10338214. 
  40. Teif V.B. and Bohinc K. (2010). «Condensed DNA: condensing the concepts». Progress in Biophysics and Molecular Biology. doi:10.1016/j.pbiomolbio.2010.07.002. 
  41. Thanbichler M, Wang S, Shapiro L (2005). «The bacterial nucleoid: a highly organized and dynamic structure». J Cell Biochem 96 (3): 506 – 21. PMID 15988757. 
  42. Wolfsberg T, McEntyre J, Schuler G (2001). «Guide to the draft human genome». Nature 409 (6822): 824 – 6. PMID 11236998. 
  43. Wolfsberg T, McEntyre J, Schuler G (2001). «Guide to the draft human genome». Nature 409 (6822): 824 – 6. PMID 11236998. 
  44. Pidoux A, Allshire R (2005). «The role of heterochromatin in centromere function». Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 360 (1455): 569 – 79. PMID 15905142. http://journals.royalsociety.org/content/px7ahm740dq5ueuk/fulltext.pdf. 
  45. Harrison P, Hegyi H, Balasubramanian S, Luscombe N, Bertone P, Echols N, Johnson T, Gerstein M (2002). «Molecular fossils in the human genome: identification and analysis of the pseudogenes in chromosomes 21 and 22». Genome Res 12 (2): 272 – 80. PMID 11827946. http://www.genome.org/cgi/content/full/12/2/272. 
  46. Harrison P, Gerstein M (2002). «Studying genomes through the aeons: protein families, pseudogenes and proteome evolution». J Mol Biol 318 (5): 1155 – 74. PMID 12083509. 
  47. Soller M (2006). «Molecular fossils in the human genome: identification and analysis of the pseudogenes in chromosomes 21 and 22». Cell Mol Life Sci 63 (7-9): 796 – 819. PMID 16465448. http://springerlink.com/content/y12529875j170122. 
  48. Michalak P. (2006). RNA world - the dark matter of evolutionary genomics. 19. pp. 1768 – 74. PMID 17040373. http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1420-9101.2006.01141.x. 
  49. Cheng J, Kapranov P, Drenkow J, Dike S, Brubaker S et al. (2005). RNA world - the dark matter of evolutionary genomics. 308. pp. 1149 – 54. PMID 15790807. http://sciencemag.org/cgi/content/full/308/5725/1149. 
  50. Mattick JS (2004). «RNA regulation: a new genetics?». Nat Rev Genet 5: 316–323. PMID 15131654. http://www.nature.com//nrg/journal/v5/n4/abs/nrg1321_fs.html;jsessionid=38CA337C2CE6EC04821E4D35AD67995C. 
  51. Albà M (2001). «Replicative DNA polymerases». Genome Biol 2 (1): REVIEWS3002. PMID 11178285. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=11178285. 
  52. Sandman K, Pereira S, Reeve J (1998). «Diversity of prokaryotic chromosomal proteins and the origin of the nucleosome». Cell Mol Life Sci 54 (12): 1350 – 64. PMID 9893710. 
  53. Dame RT (2005). «The role of nucleoid-associated proteins in the organization and compaction of bacterial chromatin». Mol. Microbiol. 56 (4): 858–70. PMID 15853876. 
  54. Luger K, Mäder A, Richmond R, Sargent D, Richmond T (1997). «Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 A resolution». Nature 389 (6648): 251 – 60. PMID 9305837. 
  55. Jenuwein T, Allis C (2001). «Translating the histone code». Science 293 (5532): 1074 – 80. PMID 11498575. 
  56. Ito T. «Nucleosome assembly and remodelling». Curr Top Microbiol Immunol 274: 1 – 22. PMID 12596902. 
  57. Thomas J (2001). «HMG1 and 2: architectural DNA-binding proteins». Biochem Soc Trans 29 (Pt 4): 395 – 401. PMID 11497996. 
  58. Grosschedl R, Giese K, Pagel J (1994). «HMG domain proteins: architectural elements in the assembly of nucleoprotein structures». Trends Genet 10 (3): 94–100. PMID 8178371. 
  59. Iftode C, Daniely Y, Borowiec J (1999). «Replication protein A (RPA): the eukaryotic SSB». Crit Rev Biochem Mol Biol 34 (3): 141 – 80. PMID 10473346. 
  60. Myers L, Kornberg R. «Mediator of transcriptional regulation». Annu Rev Biochem 69: 729 – 49. PMID 10966474. 
  61. Schoeffler A, Berger J (2005). «Recent advances in understanding structure-function relationships in the type II topoisomerase mechanism». Biochem Soc Trans 33 (Pt 6): 1465 – 70. PMID 16246147. 
  62. Tuteja N, Tuteja R (2004). «Unraveling DNA helicases. Motif, structure, mechanism and function». Eur J Biochem 271 (10): 1849–63. PMID 15128295. http://www.blackwell-synergy.com/links/doi/10.1111/j.1432-1033.2004.04094.x. 
  63. Joyce C, Steitz T (1995). «Polymerase structures and function: variations on a theme?». J Bacteriol 177 (22): 6321 – 9. PMID 7592405. http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=177480&blobtype=pdf. 
  64. Johnson A, O'Donnell M. «Cellular DNA replicases: components and dynamics at the replication fork». Annu Rev Biochem 74: 283 – 315. PMID 15952889. 
  65. Tarrago-Litvak L, Andréola M, Nevinsky G, Sarih-Cottin L, Litvak S (1994). «The reverse transcriptase of HIV-1: from enzymology to therapeutic intervention». FASEB J 8 (8): 497–503. PMID 7514143. http://www.fasebj.org/cgi/reprint/8/8/497. 
  66. Martinez E (2002). «Multi-protein complexes in eukaryotic gene transcription». Plant Mol Biol 50 (6): 925 – 47. PMID 12516863. 
  67. Created from PDB 1M6G
  68. Cremer T, Cremer C (2001). «Chromosome territories, nuclear architecture and gene regulation in mammalian cells». Nature Reviews Genetics 2 (4): 292–301. doi:10.1038/35066075. PMID 11283701. 
  69. Pál C, Papp B, Lercher M (2006). «An integrated view of protein evolution». Nature Reviews Genetics 7 (5): 337–48. doi:10.1038/nrg1838. PMID 16619049. 
  70. O'Driscoll M, Jeggo P (2006). «The role of double-strand break repair – insights from human genetics». Nature Reviews Genetics 7 (1): 45–54. doi:10.1038/nrg1746. PMID 16369571. 
  71. Vispé S, Defais M (1997). «Mammalian Rad51 protein: a RecA homologue with pleiotropic functions». Biochimie 79 (9–10): 587–92. doi:10.1016/S0300-9084(97)82007-X. PMID 9466696. 
  72. Neale MJ, Keeney S (2006). «Clarifying the mechanics of DNA strand exchange in meiotic recombination». Nature 442 (7099): 153–8. doi:10.1038/nature04885. PMID 16838012. Bibcode2006Natur.442..153N. 
  73. Dickman M, Ingleston S, Sedelnikova S, Rafferty J, Lloyd R, Grasby J, Hornby D (2002). «The RuvABC resolvasome». Eur J Biochem 269 (22): 5492–501. doi:10.1046/j.1432-1033.2002.03250.x. PMID 12423347. 
  74. Joyce G (2002). «The antiquity of RNA-based evolution». Nature 418 (6894): 214–21. doi:10.1038/418214a. PMID 12110897. Bibcode2002Natur.418..214J. 
  75. Orgel L (2004). «Prebiotic chemistry and the origin of the RNA world». Crit Rev Biochem Mol Biol 39 (2): 99–123. doi:10.1080/10409230490460765. PMID 15217990. 
  76. Davenport R (2001). «Ribozymes. Making copies in the RNA world». Science 292 (5520): 1278. doi:10.1126/science.292.5520.1278a. PMID 11360970. 
  77. Szathmáry E (1992). «What is the optimum size for the genetic alphabet?». Proc Natl Acad Sci USA 89 (7): 2614–8. doi:10.1073/pnas.89.7.2614. PMID 1372984. Bibcode1992PNAS...89.2614S. 
  78. Lindahl T (1993). «Instability and decay of the primary structure of DNA». Nature 362 (6422): 709–15. doi:10.1038/362709a0. PMID 8469282. Bibcode1993Natur.362..709L. 
  79. Vreeland R, Rosenzweig W, Powers D (2000). «Isolation of a 250 million-year-old halotolerant bacterium from a primary salt crystal». Nature 407 (6806): 897–900. doi:10.1038/35038060. PMID 11057666. 
  80. Hebsgaard M, Phillips M, Willerslev E (2005). «Geologically ancient DNA: fact or artefact?». Trends Microbiol 13 (5): 212–20. doi:10.1016/j.tim.2005.03.010. PMID 15866038. 
  81. Nickle D, Learn G, Rain M, Mullins J, Mittler J (2002). «Curiously modern DNA for a "250 million-year-old" bacterium». J Mol Evol 54 (1): 134–7. doi:10.1007/s00239-001-0025-x. PMID 11734907. 
  82. Callahan, M.P.; Smith, K.E.; Cleaves, H.J.; Ruzica, J.; Stern, J.C.; Glavin, D.P.; House, C.H.; Dworkin, J.P. (11 August 2011)։ «Carbonaceous meteorites contain a wide range of extraterrestrial nucleobases»։ PNAS։ doi:10.1073/pnas.1106493108։ http://www.pnas.org/content/early/2011/08/10/1106493108։ Վերցված է 15 August 2011։ 
  83. Steigerwald, John (8 August 2011)։ «NASA Researchers: DNA Building Blocks Can Be Made in Space»։ NASA։ http://www.nasa.gov/topics/solarsystem/features/dna-meteorites.html։ Վերցված է 10 August 2011։ 
  84. ScienceDaily Staff (9 August 2011)։ «DNA Building Blocks Can Be Made in Space, NASA Evidence Suggests»։ ScienceDaily։ http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110808220659.htm։ Վերցված է 9 August 2011։ 

Տես նաև[խմբագրել]

Արտաքին հղումներ[խմբագրել]