Նյու Յորքի կենդանաբանական այգու կենդանիներ Ալեքս առյուծը, զեբր Մարտին, ընձուղտ Մելմանը և գետաձի Գլորիան Մադագասկար կղզուց որոշում են վերադառնալ իրենց հայրենիք՝ Նյու Յորք։ Նստելով ինքնաթիռ՝ նրանք ուղևորվում են Նյու Յորք, սակայն ճանապարհին ինքնաթիռի վառելիքը վերջանում է և վթարի է ենթարկվում՝ ընկնելով Աֆրիկա։ Նրանք որոշում են մնալ այնտեղ այնքան ժամանակ, մինչև պինգվինները կվերանորոգեն ինքնաթիռը։ Բայց հանկարծ իրավիճակը փոխվում է. Ալեքսը Աֆրիկայում հանդիպում է իր ծնողներին, որից նա առանձնացել է մանուկ հասակում, նրանք միմյանց ճանաչում են ձեռքի խալով։ Օրեր հետո Աֆրիկայում հպարտությամբ են ընդունում Ալեքսին։