Ուշադրություն, այս հոդվածն աղբյուրների կարիք ունի։
Դուք կարող եք օգնել նախագծին՝ գտնելով բերված տեղեկությունների հաստատումը վստահելի աղբյուրներում և ավելացնելով այդ աղբյուրներին հղումները հոդվածին։ Անհիմն հղումները ենթակա են հեռացման։
Նյու Յորքի կենդանաբանական այգու կենդանիներ՝ առյուծ Ալեքս, զեբր Մարտինը, գետաձի Գլորիան և ընձուղտ Մելամանը շատ լավ ընկերներ են և վայելում են իրենց կյանքը։ Երբեմն զեբր Մարտինը բողոքում է իրենց կյանքից ասելով որ իրենք ամբողջ կյանքում անիմաստ և անհետաքրքիր են ապրել։
Մի օր գազանանոցի մոտակայքում Մարտինը նկատում է որ պինգվինները գաղտնի թունել են փորում և ուզում են փաղչել ազատություն։ Մարտինին դուր է գալիս այս գաղափարը և նա ասում է իր ընկերներին սակայն նրանք չեն համաձայնում փաղչել գազանանոցից։ Հաջորդ օրը առավոտյան ընկերները տեսնում են որ Մարտինը չկա և նրանք գնում են մետրո նրա ետևից, որպեսզի ետ բերեն գազանանոց։ Հասնելով մետրո նրանք գտնում են Մարտինին և այդ ժամանակ ոստիկանությունը գալիս է և բռնում գցում տուփերի մեջ։ Նրանք արթնանալով տուփերում տեսնում են որ նավի վրա են գտնվում և այդ նավը ուղևորվում դեպի Քենյա։ Պինգվինները գալիս են և կապում են նավապետին և նավի ուղղությունը փոխում դեպի Անտարկտիդա։ Նավի ուղղությունը փոխելու ժամանակ նավի վրայից տուփերով ջուրն են ընկնում Ալեքսը, Մարտինը, Գլորիան և Մելմանը։ Ջուրը նրանց քշում տանում է դեպի Մադագասկար։
Հասնելով տեղ նրանք ընկերները չեն գիտակցում որ հայտնվել են մեկ այլ մայրցամաքում, նրանք կարծում են, որ իրենք գտնվում են Սան Դիեգոյի գազանանոցում։ Բայց շուտով Ալեքսը այդտեղի մանր կենդանիներին և իրենց թագավոր Լեմուրին փրկում է գազաններից ովքեր ուզում են ուտել նրանց։ Մարտինը շատ գոհ իր ազատությունից վայելում է պահը իսկ Ալեքսը բողոքում է և ուզում վերադառնալ կենդանաբանական այգի։ Այնուհետև արքա Լեմուրը նրանց հետ կնքում է գործարք որով Ալեքսը իրեն և իր կենդանիներին կպաշտպանի գազաններից իսկ նրանք ընկերներին կապահովեն հանգիստ և խնամք։ Շուտով Ալեքսի աչքին սովից բոլորը ուտելիք են երևում և նա որոշում բաժանվել նրանցից, սակայն ընկերները կարողանում են դուրս իրավիճակից, իսկ Լեմուրին և իր կենդանիներին այդքան վախեցնող գիշատիչները Ալեքսի շնորհիվ հանգիստ են թողնում։ Մուլտֆիլմի վերջում ընկերները որոշում են ճանապարհորդել աշխարհով։