Հովհաննես Մրքուզն աշխարհի սկզբնապատճառ համարել է Աստծուն։ Ճանաչողությունը, ըստ նրա, սկսվում է զգայությունից և ընթանում դեպի աստվածային էության իմացությունը։ Աստծու գոյությունը նա փորձում է ապացուցել նախ բնական փաստերով և ապա միայն Աստվածաշնչի ու եկեղեցու հայրերի հեղինակությամբ։ Հովհաննես Մրքուզն անդրադարձել է այդ ժամանակ տարածված լյութերական շարժմանը, նրա մեջ տեսել ազգային ինքնագիտակցության ու ազգային-ազատագրական պայքարի տարրեր։ Բացահայտել է աշխարհիկ ու հոգևոր իշխանությունների և նրանց վարած քաղաքականության միջև սերտ կապը, քննադատել իշխանական կամայականություններն ու անօրինակությունները, առաջ քաշել մարդու անձեռնմխելիության պահանջը։ Շարունակելով Արիստոտելի, Դավիթ Անհաղթի, Սիմեոն Ջուղայեցու և ուրիշների տրամաբանական ուսմունքների գաղափարները՝ քննարկել է տրամաբանության առարկայի, ուսումնասիրության մեթոդի, մյուս գիտությունների համար նրա նշանակության, ինչպես նաև մտահանգումների տեսության հետ կապված մի շարք հարցեր, առաջադրել նոր և ուրույն գաղափարներ։ «Համառօտ քերականութիւն և տրամաբանութիւն, որ է Քերթութիւն բառի և կրթութիւն բանի» (հրատարակված՝ 1711 թ.) աշխատության մեջ իր քերականական սկզբունքներով նույնպես հետևել է Սիմեոն Ջուղայեցուն՝ առարկան բաժանելով «նյութի» (տառ, վանկ, բառ) և «տեսակավորության» (բան)։ Ըստ նրա՝ բաղաձայնները երեք տեսակ են՝ «լերկ», «թավ» և «միջակ»։ Խոսքի մասերը քննելիս՝ ելնում է նրանց շարահյուսական արժեքից և բաժանում երկու խմբի՝ անուն և բայ (սրանք կարող են «ենթակայանալ» և «ստորոգիլ»)։ Անդրադարձել է հոլովմանն ու խոնարհմանը, դերանուններին, ինչպես նաև շարահյուսության, կետադրության, ուղղագրության հարցերին։
Հովհաննես Մրքուզը հայտնի է նաև որպես նկարիչ։ Ղեկավարել է Նոր Ջուղայի Ամենափրկիչ վանքի Հովսեփ Հարեմաթացի եկեղեցու ձևավորումը։ Նրան են վերագրվում «Քրիստոսի կյանքը», «Գրիգոր Լուսավորչի կյանքը», «Լուսավորչական եկեղեցու յոթ խորհուրդները» նկարաշարերը։ Հովհաննես Մրքուզը ժամանակի ճանաչված դիմանկարիչներից էր։ Իր ինքնանկարն արվեստագետը զետեղել է նույն եկեղեցու խորանի աջ կողմի «Չննջող ակն» հորինվածքում։ Պատկերներ է ստեղծել նաև Գրիգոր Լուսավորիչ եկեղեցու համար («Տաճարի ընծայումը», «Տասներկու տարեկան Հիսուսը քարոզելիս» և այլն)։ Նրա աշխատանքներին բնորոշ են դիմագծերի անհատականացված բնութագրումներ, հոգեբանական շեշտադրումներ, բնանկարի ռեալիստական ըմբռնումներ։ Ելնելով նկարչական իր գործունեությունից՝ Հովհաննես Մրքուզը զարգացրել է նաև գեղագիտական հետաքրքիր գաղափարներ։
Այս հոդվածի կամ նրա բաժնի որոշակի հատվածի սկզբնական կամ ներկայիս տարբերակը վերցված է Քրիեյթիվ Քոմմոնս Նշում–Համանման տարածում 3.0 (Creative Commons BY-SA 3.0) ազատ թույլատրագրով թողարկված Հայկական սովետական հանրագիտարանից (հ․ 6, էջ 564)։
