Ֆուտբոլային կարիերան սկսել է որպես ֆուտբոլիստ։ 1990-2001 թթ. խաղացել է «Մայնց 05» ֆուտբոլային ակումբում, որից հետո մարզել է այդ ակումբը 2001-2008 թթ.։ Այժմ մարզչական կարիերան շարունակում է «Լիվերպուլ» ֆուտբոլային ակումբում։
Մինչ «Մայնց 05» ակումբ տեղափոխվելը Կլոպը խաղացել է երիտասարդական Գլատեն (1972—1983), Էրգենզիգեն (1983—1986), Պֆորզեյմ (1987), Ֆրանկֆուրտի Այնտրախտ (1987—1988), Վիկտորիա Սինդլիգեն (1988—1989), Ռոտ-Վայս Ֆրանկֆուրտ (1989—1990) ակումբներում։ «Մայնց 05» ակումբում Կլոպը խաղացել է 1990-2001 թթ.։ Երկրորդ Բունդեսլիգայում մասնակցել է 325 խաղի։ Դարձել է 52 գոլի հեղինակ՝ զիջելով միայն Սվեն Դեմանդին։ Նա և Բենիամին Աուերը «Մայնց 05»-ի միակ ֆուտբոլիստներն են, որ խփել են 4 գոլ 1 խաղում։
Մարզչի կարիերան Կլոպը սկսել է 2001 թ.-ին։ Սկզբում նա նշանակվել է «Մայնց 05» ակումբի ժամանակավոր մարզիչ, բայց գերազանց աշխատանքի շնորհիվ նրա պայմանագիրը երկարաձգվեց։ Նրա գլխավորությամբ ակումբը 2002 և 2003 թվականներին մրցարշարային աղյուսակում զբաղեցրեց 4-րդ տեղը։ 2005-2006 մրցաշրջանում սկզբում Յուրգեն Կլոպը գրանցում է ակումբի պատմության մեջ ամենամեծ հաջողությունը, երբ իր թիմը ներգրավեց ՈՒԵՖԱ-ի գավաթի որակաորման փուլում։ Այդ խաղարկությունում առաջին փուլում Կլոպի թիմը հաղթեց Աշտարակի Միկային, երկրորդ փուլում Իռլանդիայի Կեֆլավիկին, իսկ երրորդ փուլում արդեն ակումբը պարտվում է «Սեվիլյային»։ Կլոպի «Մայնցը» նորից հետ է գնում երկրորդ Բունդեսլիգա։