Ագարակը հիմնադրվել է Մ․Թ․ 2-րդ դարում որպես ամրոց և նրան կից գյուղ, Վասպուրական աշխարհի Նախճավան գավառի հյուսիսում։ Գրեթե ողջ բնակչությունը բռնի տեղահանվել է Պարսկաստանի Սպահան քաղաքի մոտ 1604-ին Պարսից շահ՝ Աբբաս 1-ինի կողմից։ 1604-1918 Միջակայքում գյուղի մեծամասնությունը թաթարաբնակ էր։ Գյուղում բնակվում էր մի քանի հայ ընտանիք։ 1914-1918 -ի հայ-թաթարական ընդհարումների ժամանակ Ագարակի մնացած հայ բնակչությունը կոտորվում է։ 1988-ին գյուղի մատույցներում դեռ երևում էին հայկական եկեղեցու ավերակները։