1980 թվականին՝ իր հոր բռնապետության ժամանակ, 23-ամյա Մարկոս կրտսերը դարձավ Հյուսիսային Իլոկոսի փոխնահանգապետ, իսկ երեք տարի անց՝ նահանգի նահանգապետ։ Նա այդ պաշտոնը զբաղեցրել է մինչև 1986 թվականը, երբ նրա հայրը պաշտոնանկ արվեց «Դեղին հեղափոխության» ժամանակ և նախագահական ընտանիքը փախավ Հավայան կղզիներ[7]։
1989 թվականին Մարկես ավագի մահից հետո նոր նախագահ Կորասոն Ակինոն Մարկոսի ընտանիքի անդամներին թույլ տվեց վերադառնալ Ֆիլիպիններ։ Ներկայումս Բոնգբոնգ Մարկոսին և նրա մորը սպառնում է կալանք ԱՄՆ-ում՝ Մարկոս ավագի ռեժիմի օրոք մարդու իրավունքների խախտումների զոհերին որպես փոխհատուցում 353 միլիոն դոլար վճարելու մասին դատական որոշումը խախտելու համար[8]։
Վերադառնալով հայրենիք՝ Մարկոսը շարունակեց իր քաղաքական գործունեությունը։ 1991 թվականին նա ընտրվել է Ներկայացուցիչների պալատում, իսկ յոթ տարի անց երեք տարի ժամկետով կրկին ստանձնել է Հյուսիսային Իլոկոս նահանգի նահանգապետի պաշտոնը՝ հետագայում երկու անգամ վերընտրվելով։ 2010-2016 թվականներին դարձել է Ֆիլիպինների սենատոր։
Բոնգբոնգ Մարկոսը 2022 թվականի նախագահական ընտրությունների հիմնական թեկնածուներից մեկն էր։ Նրա գործընկերը, որպես հնարավոր փոխնախագահ, դարձել է հեռացող պետության ղեկավար Ռոդրիգո Դուտերտեի դուստրը՝ Սառան[9]։ Մարկոսը մի քանի ամիս շարունակ պարբերաբար գլխավորում էր նախընտրական հարցումները[10][11][12]։ Մարկոս կրտսերն ընտրվել է Ֆիլիպինների 17-րդ նախագահ և ստանձնել պաշտոնը 2022 թվականի հունիսի 30-ին[13]։