PubMed

Վիքիպեդիայից՝ ազատ հանրագիտարանից

PubMed
Изображение логотипа
ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Տեսակկայք, որոնողական համակարգ, medical database?, bibliographic database? և տվյալների շտեմարան
Երկիր ԱՄՆ
Լեզուանգլերեն
ՍեփականատերԱՄՆ ազգային բժշկական գրադարան
 PubMed Վիքիպահեստում

PubMed, կենսաբժշկական հետազոտությունների անվճար որոնման համակարգ, որը ստեղծվել է Կենսատեխնոլոգիական տեղեկատվության ազգային կենտրոնի կողմից (անգլ.՝ National Center for Biotechnology Information, NCBI) 1997 թվականին։ Ամեն օր պորտալ է այցելում մոտ 2,5 միլիոն օգտատեր[1][2]։ PubMed-ը տրամադրում է միանգամից մի քանի տվյալների բազաների հասանելիություն, սակայն առանցքային է համարվում MEDLINE հավաքածուն, որը պարունակում է ավելի քան 30 մլն մեջբերում բնական, քիմիական, վարքային գիտություններից, այդ թվում՝ կենսաինժեներիայից և կենսաֆիզիկայից[3]։ Ժամանակի ընթացքում PubMed-ում ինտեգրվել են PreMEDLINE տվյալների բազաները, OLDMEDLINE-ը և NCBI գրքերի հավաքածուն[4][5][6]։ PubMed-ը նաև հնարավորություն է տալիս մուտք գործել PubMed Central առցանց պահոց[4]։ Պորտալը հիմնարար ազդեցություն է ունեցել բնական գիտությունների զարգացման վրա՝ հետազոտողներին հնարավորություն ընձեռելով ազատորեն փնտրել իրենց անհրաժեշտ տեղեկատվությունը և տարածել ապացուցողական բժշկության և բաց գիտության սկզբունքները[7]։

Ստեղծման պատմություն[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Ջոն Բիլլինգսը 1896 թվականին

PubMed-ի պատմությունը սկսվում է 19-րդ դարի վերջին, երբ դաշտային վիրաբույժ Ջոն Շոու Բիլինգսը գործընկեր Ռոբերտ Ֆլետչերի հետ միասին ինդեքսավորեցին ռազմական բժշկական գրադարանի հավաքածուն։ Այդ ժամանակ այն բաղկացած էր ավելի քան 50,000 գրքերից, ամսագրերից և բրոշյուրներից բժշկության և բնական գիտությունների վերաբերյալ։ Կատալոգի 15 հատորներից առաջինը լույս է տեսել 1880 թվականին, վերջինը՝ 1895 թվականին։ Ընդհանուր առմամբ 1880-1961 թվականներին թողարկվել է ցուցիչ կատալոգի հինգ սերիա[8]։ Որպեսզի բժիշկների և հետազոտողների համար ավելի հեշտ լիներ տեղեկատվություն փնտրելը, 1879 թվականից գրադարանին կից սկսեցին հրատարակել Index Medicus - ամսական մատենագիտական հրատարակցությունը, որում տեղեկատվություն էր պարունակվում ամսագրերի վերջին հրատարակությունների մասին, երբ դրանք հասնում էին գրադարան։ 1927 թվականին Index Medicus-ը համատեղվեց Ամերիկյան բժշկական ասոցիացիայի՝ Quarterly Cumulative Index Medicus-ի նմանատիպ եռամսյակային հրատարակության հետ։ Նաև յուրաքանչյուր տարվա վերջում թողարկվեց Index Medicus-ի բոլոր ամսական հրատարակությունների հավաքական ինդեքսը, որը կոչվում էր The Cumulated Index Medicus: Այսպիսով, որպեսզի 1930 թվականի հունիսին հետազոտողը կարողանա գտնել անհրաժեշտ գրականությունը, նա նախ պետք է ուսումնասիրեր Index Medicus-ի վեց հատորները վերջին ամիսներին, իսկ հետո Cumulated Index Medicus-ի հատորները, որոնք լույս են տեսել նախորդ տարիներին[8]։

1956 թվականին Կոնգրեսի որոշմամբ հիմնադրվեց ԱՄՆ բժշկության ազգային գրադարանը (անգլ.՝ United States National Library of Medicine, NLM)։ Նրա ղեկավարությամբ 1964 թվականին ներդրվել են գրադարանային կատալոգների ինդեքսավորման մեխանիզացված մեթոդներ։ Շուտով ստեղծվեց MEDLARS մատենագիտական տվյալների բազան, որը փոխարինեց Index Medicus-ին[8][9]։ Այնուամենայնիվ, MEDLARS-ի որոնումը դեռևս բարդ խնդիր էր. հատուկ պատրաստված մասնագետները պետք է յուրաքանչյուր որոնման հարցումը թարգմանեին մեքենայական կոդի, ծակեին անհրաժեշտ քարտերը, կազմեին որոնման արդյունքների փաթեթներ և մուտքագրեին դրանք համակարգ։ Այնուհետև համակարգիչը ավտոմատ որոնում է կատարել մագնիսական ժապավենների վրա պահվող տվյալների բազայում և արդյունահանել համապատասխան գրառումները։ Հետագայում դրանք կարելի էր տպել և փոստով ուղարկել ծանրոց։ Հարցումը ուղարկելու և արդյունքներ ստանալու միջև միջին մշակման ժամանակը 4-6 շաբաթ էր, ուստի որոնման ցանկացած կատարելագործում պահանջում էր լրացուցիչ ժամանակ։ Չնայած թերություններին, գործընթացը ավելի քիչ ժամանակատար էր ծախսում, քան Index Medicus հատորների ձեռքով որոնումը[8]։

1971 թվականին ԱՄՆ բժշկության ազգային գրադարանի (NLM) կենսատեխնոլոգիայի տեղեկատվության ազգային կենտրոնը (NCBI) նախաձեռնեց MEDLINE-ի ստեղծումը՝ կենսաբժշկական գրականության որոնիչի առցանց տարբերակը։ MEDLINE-ը ստեղծվել է 1975 թվականին՝ որպես կենսաբժշկական գրականության որոնման համակարգի մաս։ MEDLINE-ը գրադարաններին հնարավորություն է ընձեռել իրական ժամանակում կատարել մատենագիտական որոնումներ կատալոգներում ինդեքսավորված մեջբերումների միջոցով։ MEDLINE-ն աշխատում էր elhill որոնողական ծրագրային ապահովման հիման վրա, որը թույլ էր տալիս որոնել ըստ վերնագրի, հեղինակի, վերնագրերի, հրապարակման ամսաթվերի։ ԱՄՆ-ի և Եվրոպայի քաղաքների հետ մայրուղային կապն ապահովում էր Tymshare առևտրային ցանցը։ Ստեղծման պահին MEDLINE-ը հանդիսանում էր աշխարհի խոշորագույն մեքենայաընթեռնելի տվյալների բազաներից մեկը՝ ավելի քան 1,5 մլն մեջբերում բժշկական գրականությունից[8]։

Սկզբում MEDLINE-ին կարելի էր մուտք գործել միայն բժշկական գրադարաններից, որոնց աշխատակիցները մշակում էին հետազոտողների դիմումները և փոխակերպում հարցումները՝ օգտագործելով առարկայական վերնագրեր։ Այնուհետև նրանք որոնեցին NLM համակարգչին միացված տերմինալներով։ Միացման ժամանակը չափազանց թանկ էր վատնելու համար, ուստի օգտվողները նախքան հարցումը ուղարկելը խորհրդակցեցին տպագիր գրացուցակների ծավալների հետ՝ որոնման ամենաարդյունավետ ռազմավարությունը պատրաստելու համար։ Մատչելիությունը բարելավելու համար NLM-ն գործարկել է Entrez-ը՝ տեքստային որոնողական համակարգ, որը հիմնված է սեփական ծրագրային ապահովման վրա։ Տեղեկատվության արագ որոնման համար Entrez-ն օգտագործել է ինդեքսավորման համակարգը[10], որը թույլ է տվել մուտք գործել տվյալների բազա անմիջապես[11][4][5]։ Օգտագործողները կարող էին կատարելագործել որոնման պայմանները և տպել ոչ ավելի, քան 25 արդյունք՝ Ամբողջական մատենագիտական տվյալներով։ Լրացուցիչ մեջբերումներ կարելի էր ստանալ ըստ պահանջի տպագրական ծառայության միջոցով, որը հետագայում դրանք փոստով ուղարկվում էր։ Երկու տարի անվճար ծառայություններ մատուցելուց հետո NLM-ը վճար է սահմանել MEDLINE-ի օգտագործման համար։ Սկզբնական արժեքը կազմում էր $6 մեկ ժամ տերմինալին միանալու համար և ¢10 մեկ էջի համար՝ առանձին տպագրության համար։ 1976 թվականին փոխարժեքը բարձրացել է մինչև $12 ժամում[8]։

1997 թվականի հունիսի 26-ին ԱՄՆ փոխնախագահ Ալբերտ Գոռը Կապիտոլիումում կայացած արարողության ժամանակ հայտարարեց PubMed՝ բնական գիտությունների MEDLINE տվյալների բազայի վեբ որոնման համակարգի ստեղծման մասին[11]։ Ծրագրի հիմնական նպատակն էր ապահովել տեղեկատվության բաց հասանելիությունը կենսաբժշկության ոլորտում[6]։ PubMed-ը ընդլայնել է Entrez-ը՝ MEDLINE-ի հոդվածները կապելով հրատարակիչների կողմից աջակցվող ամբողջական տեքստային կայքերի հետ։ Բացման ժամանակ PubMed-ը պարունակում էր մեջբերումներ ավելի քան 4000 ամսագրեր, որոնք հրատարակվում են 1965 թվականից, ներառյալ Cell, Journal of Biological Chemistry, Journal of Cell Biology, The New England Journal of Medicine и Science[12].

Ժամանակի ընթացքում PubMed-ը ենթարկվել է բազմաթիվ փոխակերպումների և դարձել է ավելին, քան Medline-ի մեջբերումների որոնման ինտերֆեյսը։ PubMed-ում ինտեգրվել են PreMEDLINE, OLDMEDLINE տվյալների բազաները, ինչպես նաև կենսատեխնոլոգիայի տեղեկատվության ազգային կենտրոնի հավաքածուի գրքերը[4][5][6]. PubMed-ը հնարավորություն է տալիս մուտք գործել նաև PubMed Central կենսաբժշկության վերաբերյալ ամբողջական տեքստային աշխատանքների տվյալների բազա[4]։

PubMed որոնողական համակարգը հնարավորություն է տալիս մուտք գործել կենսաբժշկության մեջբերումների տվյալների խոշորագույն բազա և հանդիսանում է կարևոր գործիք բնական գիտությունների ոլորտի մասնագետների աշխատանքի համար[13]։

Նկարագրություն[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

PubMed-ը արձանագրում է բժշկական և կենսաբանական հոդվածները հատուկ գրականությունից, ինչպես նաև հղումներ է տալիս ամբողջական տեքստային հոդվածներին։ PubMed-ը ներառում է տվյալներ հետևյալ ոլորտներից՝ բժշկություն, ստոմատոլոգիա, անասնաբուժություն, ընդհանուր առողջապահություն, հոգեբանություն, կենսաբանություն, գենետիկա, կենսաքիմիա, ցիտոլոգիա, կենսատեխնոլոգիա, կենսաբժշկություն և այլ ոլորտներ։ Արձանագրված են շուրջ 3800 կենսաբժշկական հրատարակություններ։ PubMed տվյալների բազան տարեկան ավելանում է 500,000 հոդվածով։ Որոնումը տեղի է ունենում Medical Subject Headings (MeSH) սկզբունքով։

Յուրաքանչյուր հոդվածին տրվում է եզակի PMID (անգլ.՝ PubMed Identifier - PubMed) նույնականացման համար[14]։

Հավաքածու[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

MEDLINE via PubMed
PubMed-ի հավաքածույի սխեմատիկ նկար

MEDLINE[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

MEDLINE-ը PubMed-ի հիմնական տվյալների բազան է։ Այն պարունակում է համապատասխան տեղեկատվություն մասնագետների ոլորտում հիմնարար հետազոտությունների, բժշկական օգնության, սոցիալական հիգիենայի և առողջապահության կազմակերպման. MEDLINE-ում ներառված են տվյալներ բնական, քիմիական, վարքագծային գիտությունների, ինչպես նաև կենսաինժեներության և կենսաֆիզիկայի վերաբերյալ աշխատանքների վերաբերյալ[9]։ MEDLINE-ում ընդգրկված բոլոր ամսագրերն ու հոդվածները մանրակրկիտ ստուգվում են օգտագործված գրականության որակի, բովանդակության, ծավալի, օտար լեզուներով հոդվածների առկայության, գրախոսության համար[4][7][11]։ Հրատարակիչները էլեկտրոնային մետատվյալներն ուղարկում են անմիջապես NLM, որից հետո գրադարանի աշխատակիցները ձեռքով ինդեքսավորում են մուտքային տարրերը՝ ստուգում են սխալները և նշանակում Medical Subject Headings (MeSH)։

MEDLINE-ը պարունակում է տեղեկատվություն միայն մետատվյալների մասին, սակայն ինդեքսավորման գործընթացում բաց հասանելիությամբ աշխատանքներին ավելացվում են հղումներ ամբողջական տարբերակին[9]։ Նյութերի մեծ մասը գալիս է անգլալեզու աղբյուրներից կամ ունի անգլերեն լեզվով աբստրակտներ[11]։ 2022 թվականի հունիսի դրությամբ MEDLINE պորտալը պարունակում էր կենսաբժշկական գրականության ավելի քան 30 միլիոն մեջբերում[15]։

PreMEDLINE[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

PubMed-ում ինտեգրված է PreMEDLINE-ը՝ Գիտական աշխատությունների մեջբերումների տվյալների շտեմարան, որոնք արդեն ուղարկվել են MEDLINE, բայց դեռ ինդեքսավորված չեն։ Մշակվելուց հետո դրանք ավտոմատ կերպով վերբեռնվում են MEDLINE և հանվում PreMEDLINE-ից։ Տվյալների բազան առավել հաճախ օգտագործվում է «համապատասխան թեմաների» վերաբերյալ տեղեկատու նյութեր գտնելու համար։ PreMEDLINE տվյալների բազայի մատենագիտական նկարագրությունները ունեն հատուկ նշում՝ [PubMed-in process][16]։

OLDMEDLINE[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

2003 թվականին PubMed-ում ինտեգրվեց OLDMEDLINE տվյալների բազան։ Այն պարունակում է Մեջբերումներ բժշկության, նախակլինիկական հետազոտությունների և առողջության մասին հարակից գիտությունների միջազգային կենսաբժշկական ամսագրերում հրապարակված հոդվածներից, որոնք տպագրվել են 1953-1965 թվականների տպագիր ցուցումներում[17]։ Բժշկական փաստաթղթերի և տեղեկատվության գերմանական ինստիտուտը Немецкий институт медицинской документации и информации[en] (DMDI), Գերմանիայում MEDLARS միջազգային կենտրոնի և ԱՄՆ բժշկության ազգային գրադարանի հետ միասին, 1990-ական թվականներին կեսերին կազմեցին OLDMEDLINE: DMDI-ն պատկանում էր 1953-1965 թվականների Cumulated Index Medicus (CIM) նախնական տվյալների մագնիսական ժապավեններին, որոնք հետագայում վերափոխվեցին և տեղափոխվեցին NLM: OLDMEDLINE-ի մեջբերումները ստեղծվել են MEDLINE-ից բացի այլ ստանդարտների միջոցով։ Նաև OLDMEDLINE-ի մեջբերումներում բացակայում են կուտակված փոփոխություններն ու բարելավումները, որոնք կատարվել են այլ NLM ֆայլերում տարեկան ծառայության ընթացքում։ Որոշ բաժիններ կարող են պարունակել հնացած կամ սխալ տվյալներ։ Տվյալների բազան հիմնականում արտացոլում է բնօրինակ տպագիր ցուցիչների բովանդակությունը, որոնք ստեղծվել են այն ժամանակվա քաղաքականությանը և ընթացակարգերին համապատասխան[17][16]։

NCBI գրապահարան[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Կենսատեխնոլոգիայի տեղեկատվության ազգային կենտրոնի (NCBI) գրապահարանը անվճար առցանց արխիվ է, որը պարունակում է ավելի քան 6000 գրքեր և փաստաթղթեր բնական գիտությունների և առողջապահության վերաբերյալ։ Այն սկիզբ է առել 1999 թվականին՝ այս ոլորտների կարգապահական դասագրքերի և հիմնական տեքստերի հավաքածուով։ Հետագայում այն համալրվել է թեմատիկ մենագրությունների հավաքածուով՝ բաց հասանելիությամբ։ Հեղինակները, խմբագիրները, հովանավորները և հրատարակիչները ինքնուրույն տրամադրում են աշխատանքների ամբողջական տեքստը XML ձևաչափով։ Դա նրանց տալիս է մի շարք առավելություններ, որոնցից գլխավորը պոտենցիալ ընթերցողների շրջանակի ընդլայնումն է[18]։

PubMed Central[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

PubMed-ը չի ապահովում աշխատանքների ամբողջական տեքստային տարբերակները, սակայն պարունակում է հղումներ դեպի PubMed Central (PMC)՝ գիտական հետազոտությունների անվճար առցանց պահոց[19][20][21]. PMC-ն հիմնադրվել է 1999 թվականին Առողջապահության ազգային ինստիտուտների (NIH) տնօրեն Հարոլդ Վարմուսի նախաձեռնությամբ[6] և գործարկվել է 2000 թվականին։ PubMed Central-ի ստեղծումից առաջ հետազոտողները ստիպված էին ինքնուրույն փնտրել հրատարակիչների կայքերում աշխատանքների ամբողջական տարբերակները։ Ընդ որում, այդ հրապարակումների մեծ մասը թաքնված է եղել վճարովի հարթակների հետևում։ Օնլայն-պահեստի հայտնվելուց հետո օգտատերերը կարող են ուղղակիորեն ստանալ աշխատանքների ամբողջական տեքստային տարբերակները (եթե դրանք տեղադրված են բաց հասանելիությամբ)՝ այցելելով PubMed-ի հղումը[22]։

2008-ին Առողջապահության ազգային ինստիտուտները հայտարարեցին բաց մուտքի քաղաքականության իրականացման մասին։ Դրա դրույթներից մեկը PubMedCentral-ում NIH դրամաշնորհների համար հրապարակված աշխատանքների պատճենների պարտադիր տեղադրումն էր[19]։ 2019 թվականի համար PMC հավաքածուն մոտ 88%-ով բաղկացած էր PubMed տվյալների շտեմարաններում ընդգրկված ամսագրերի հոդվածներից և 12%-ով՝ NIH-ի մանդատի տակ ընկած առանձին հոդվածներից[23]։ 2022 թվականի հունիսի դրությամբ PMC-ում արխիվացվել է ավելի քան 8 միլիոն աշխատանք[24]։

Առանձին հետազոտողներ քննադատում են PubMed-ի և PubMedCentral-ի ինտեգրումը` վերջինիս մեջ գիշատիչ ամսագրերից հրապարակումներ ունենալու համար։ Այսպիսով, 2017-ի ուսումնասիրությունը ցույց է տվել, որ որոշ հարակից առարկաների գիշատիչ ամսագրերի ավելի քան 10%-ը ինդեքսավորվում է PubMed-ում։ 2017 թվականի ապրիլին այդ ցուցանիշներն աճել են մինչև 23,7% ՝ վերականգնողական ոլորտում աշխատանքի համար, 16%՝ նեյրոգիտությունների և 24,7%՝ նյարդաբանության համար[25][4]։

Այլ[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Նաև PubMed-ում ինտեգրված են մեջբերումներ այնպիսի եզակի տվյալների բազաներից, ինչպիսիք են HealthSTAR, AIDSLINE, HISTLINE, SPACELINE, BIOETHICSLINE[11][8][26][9].

Որոնում[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

PubMed search for Wikipedia
PubMed-ի որոնման հայցի օրինակ

Աշխատանքային սկզբունքը[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

PubMed-ի գլխավոր էջը պարունակում է պարզ որոնման տուփ և հղումներ դեպի ձեռնարկներ, գործիքներ և այլ ռեսուրսներ։ Այն բանից հետո, երբ օգտատերը մուտքագրում է հայցը, PubMed-ը ավտոմատ կերպով ճշտում է այն MeSH (Medical Subject Headings) նույնականացման համակարգի միջոցով։ Սա թույլ է տալիս առավել մանրակրկիտ որոնում կատարել հարակից տվյալների բազաների բոլոր նյութերի վերաբերյալ[27][9][8]։

PubMed-ն այնուհետև ցուցադրում է ստացված արդյունքները։ Լռելյայն, համակարգը արդյունքները տեսակավորում է ըստ PubMed-ի ավելացման ամսաթվի և դրանք ներկայացնում է ամփոփ ձևաչափով՝ յուրաքանչյուր էջում 20 աշխատանք։ Հոդվածի վերնագիրը, հեղինակների ցուցակը, տեղեկատվության աղբյուրը (օրինակ՝ ամսագրի անվանումը, որին հաջորդում է հրապարակման ամսաթիվը, ծավալը, թողարկումը, էջերը) և PubMed գրառման եզակի համարը կամ PubMed ID-ն (PMID) հասանելի են օգտվողներին։ Անգլերենից բացի այլ լեզվով հոդվածների համար վերնագիրը թարգմանվում է անգլերեն և տեղադրվում է փակագծերում։ Այս դեպքում բնագրի լեզուն նշվում է որպես լրացուցիչ գրառում։ Ամսագրի անվանումը յուրաքանչյուր գրառման համար ցուցադրվում է կրճատ տեսքով[8]։

Արդյունքների էջը օգտվողին տրամադրում է նաև գործիքներ և ընտրանքներ՝ ըստ հրապարակման տեսակի և ամսաթվի տարբերակելու համար։ Եթե թողարկված հոդվածների քանակը բավականաչափ մեծ է, էջի վերևի աջ անկյունում ցուցադրվում է հիստոգրամ, որը ցույց է տալիս դրանց օգտագործման միտումը վերջին տարիներին։ Բոլոր տվյալները կարելի է ներբեռնել CSV ձևաչափով։ PubMed-ը նաև ցուցադրում է հոդվածի հիմնական հեղինակի կոնտակտները, ամբողջական տեքստի հղումը և հարակից մեջբերումները[8]։

PubMed-ը չի պահում հոդվածների ամբողջական տարբերակները։ Այնուամենայնիվ, եթե աշխատանքի ամբողջական տարբերակը հասանելի է հրատարակչության կայքում, ապա համակարգը ավտոմատ կերպով հղում է առաջացնում դրան, նույնիսկ եթե հոդվածը թաքնված է վճարովի հարթակների հետևում։ Եթե ամբողջական տեքստը տեղադրված է PubMedCentral պահոցում, ապա ամբողջական տեքստի հղումը կհայտնվի PubMed-ում դրա անոտացիան ցուցադրելիս[8]։

Ինդեքսավորում[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

PubMed-ում հոդվածների ինդեքսավորման համար Medical Subject Headings ինտեգրված համակարգը (ռուս.՝ Медицинские предметные заголовки): MeSH-ը թույլ է տալիս ստեղծել ստանդարտ բառարանային համակարգ, որը նպաստում է տեղեկատվության արդյունավետ որոնմանը։ MeSH-ում կան երեք հիմնական հասկացություններ՝ առարկայական վերնագրեր (նկարագրիչներ), մուտքագրման պայմաններ և ենթավերնագրեր[28][29]։ MeSH-ը թույլ է տալիս պայքարել կենսաբժշկական աշխատանքներում անհետևողական տերմինաբանության խնդրի դեմ, որը մեծ ազդեցություն ունի հարցումների ճշգրտության վրա [30]։

NLM-ի աշխատակիցները յուրաքանչյուր մուտքային աշխատանքում ձեռքով նույնականացնում են MeSH տերմինները (սովորաբար 10-12)[31]։ Այն թույլ է տալիս կանխորոշել տերմինները և ինտեգրել հոմանիշները։ Օրինակ, «սրտի կաթված» հարցումը MeSH-ում ինդեքսավորվում է որպես «սրտամկանի ինֆարկտ»[31]։

Այն բանից հետո, երբ օգտագործողը մուտքագրում է հարցումը, PubMed-ը ավտոմատ կերպով ներառում է այլընտրանքային ուղղագրություններ և MeSH տերմիններ, որոնք կապված են պահանջվող արտահայտության հետ։ MeSH-ի օգտագործումը որոնման համար թույլ է տալիս այն ավելի ճշգրիտ դարձնել[31]։ Պայմանները հիերարխիկորեն դասավորված են ըստ առարկայական կատեգորիաների։ Որոնման ընդլայնման կամ նեղացման համար օգտատերերը կարող են ինքնուրույն ընտրել կառուցվածքում վերևում կամ ներքևում գտնվող տերմինները[32]։

Միջակայք[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Պորտալի միջակայքը մի քանի անգամ ենթարկվել է լայնածավալ փոփոխությունների։ 2000 թվականին նրա դիզայնը ամբողջովին փոխվել է, ավելացվել են տարբերակիցներ ըստ լեզվի և տարիների, ինչպես նաև որոնման պատմության դիտման, պահպանման, վերլուծության և ընտրված մեջբերումների տպագրության գործառույթը մեկ կամ մի քանի որոնման արդյունքների հիման վրա[6]։

2020 թվականի սկզբին թողարկվել է նորացված տարբերակը, որը ստացել է ոչ միանշանակ արձագանքներ հին միջակայքին սովոր օգտատերերի կողմից[2]։ «PubMed-ի օգտագործումը», «PubMed գործիքները» և «լրացուցիչ ռեսուրսները» երեք հիմնական գործառույթները փոխվել են «սովորել», «գտնել», «ներբեռնել» և «ուսումնասիրել»։ Նոր տարբերակը շեշտը դնում է տեղեկատվության արագացված որոնման վրա և ավելի հարմար է բջջային տարբերակում։ Ավելացվել է նաև «Տարվա արդյունքներ» գործառույթը, որը թույլ է տալիս օգտվողին հետևել օգտագործման միտումներին։ Հոդվածի տեսակը, տեքստի առկայությունը, տարիքը և լեզուն զտիչները հանրաճանաչ գործիքներից են, որոնք տեղափոխվել են PubMed-ի հին տարբերակից[33]։

Գործիքաշար[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

askMEDLINE[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

askMEDLINE-ը MEDLINE/PubMed-ի անվճար տեքստի որոնման գործիք է։ Այն ստեղծվել է PICO-ի (անգլ.՝ Patient, Intervention, Comparison, Outcome կամ «հիվանդ, միջամտություն, համեմատություն, արդյունք»), MEDLINE/PubMed որոնման մեթոդ, որը մշակվել է զբաղված կլինիցիստների համար, ովքեր հետաքրքրված են ապացուցողական բժշկության պրակտիկայով, բայց ծանոթ չեն վերահսկվող բառարաններին, որոնք կարող են որոնումն ավելի արդյունավետ դարձնել[34]։ askMEDLINE-ի օգտատերերը կարող են կլինիկական հարցը մուտքագրել «խոսակցական» լեզվով, իսկ որոնողական համակարգն ինքնուրույն կգտնի համապատասխան ամսագրային հոդվածներ[34]։

AskMEDLINE-ը հիմնված է բազմաքայլ որոնման ռազմավարության վրա։ Առաջին փուլում վերլուծիչը անտեսում է կետադրական նշանները և ջնջում է Stop Word ցուցակում հայտնաբերված բառերը։ Այնուհետև վերլուծիչը՝ PHP սցենարը, փոփոխված հարցումը ուղարկում է PubMed Entrez E-Utilities-ին։ E-Utilities-ի կողմից վերադարձված extensible Markup Language (XML) ֆայլը նշում է հարցման յուրաքանչյուր տերմինի կատեգորիան։ «Բոլոր դաշտերը» պիտակավորված տերմինները նշանակում են, որ դրանք ոչ բժշկական առարկայի ռուբրիկայի (Արտ) տերմիններ են, ոչ էլ Արտ ենթավերնագրեր։ Եթե «բոլոր դաշտերը» բառը պահուստային բառարանում է, այն մնում է հարցման մեջ. եթե դա այդպես չէ՝ այն ջնջվում է։ Մնացած տերմինները էլեկտրոնային կոմունալ ծառայությունների միջոցով ուղարկվում են PubMed: Եթե առաջին փուլից հետո տեղեկամատյանների արդյունահանումների քանակը 1-ից 50 000 է, ապա առաջին 20 արդյունքները ցուցադրվում են, և որոնումը դադարում է[34]։

Որոնումը կարող է տեղափոխվել երկրորդ շրջան, եթե առաջին փուլում չափազանց շատ ֆիլտրեր են օգտագործվել, ինչը հանգեցրել է բավարար քանակությամբ աշխատանքների չգտնմանը, կամ եթե առաջին փուլում որոնումների քանակը գերազանցել է 50 000 հոդվածը (նշելով, որ որոնումը չափազանց լայն էր)[34]։

Միայն askMEDLINE-ի առաջին տարվա ընթացքում ստացվել է ավելի քան 15 000 հարցում, հիմնականում հարցերի կամ բարդ արտահայտությունների տեսքով։ Ամենաշատ հարցվածները թերապիայի հարցերն էին[35]։

My NCBI[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

2010 թվականից PubMed-ի օգտվողները կարող էին ստեղծել իրենց սեփական հաշիվները My NCBI գործառույթի շնորհիվ։ Անհատականացված մոտեցումը թույլ էր տալիս պահպանել համապատասխան մեջբերումներ և որոնման հարցումներ, սահմանել որոնման յուրահատուկ պարամետրեր և կարգավորել որոնման ազդանշանները, ինչպես նաև օգտագործել այլ լրացուցիչ պարամետրեր PubMed-ում[36]։ 2021 թվականի հունիսի 1-ից NCBI հաշիվները դադարել են հասանելի լինել։ Օգտվողներին առաջարկվել է մուտք գործել eRA Commons-ի, ORCHID-ի, Google-ի գրանցման միջոցով կամ Einstein AD-ի հավատարմագրերի միջոցով[37]։

LinkOut[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

LinkOut-ը կապում է PubMed-ը NCBI-ից դուրս ցանկացած ռեսուրսների հետ։ Ծրագիրը հնարավորություն է տալիս օգտվողներին մուտք գործել ամբողջական տեքստային տարբերակների հոդվածներին։ 2022 թվականի հունիսի դրությամբ 4271 հրատարակչություններ կանոնավոր կերպով տրամադրել են LinkOut տվյալները [38][39]։

PubCrawler[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

PubMed-ը ինտեգրված է PubCrawler վեբ ծառայության հետ, որը թույլ է տալիս օգտվողներին ստեղծել անհատականացված վեբ էջեր։ PubCrawler-ն ի սկզբանե գոյություն ուներ որպես Perl սկրիպտ, որն ավտոմատ կերպով հետևում էր PubMed-ում նախապես սահմանված հարցումների նոր արդյունքներին Entrez NCBI որոնողական համակարգի միջոցով։ Այնուամենայնիվ, դրա ստեղծողները շուտով որոշեցին այն բաց դարձնել այլ օգտվողների համար։ Գրանցվելուց հետո օգտվողները կարող են կարգավորել իրենց հարցումները PubMed-ի համար PubCrawler կոնֆիգուրատորի միջոցով։ Արդյունքները ստանալուց հետո համակարգը դրանք ավտոմատ կերպով համեմատում է օգտագործողի նախորդ հարցումների հետ՝ թողնելով միայն չտեսնված աշխատանքներ։ Այսպիսով, ծառայությունը թույլ է տալիս հետևել նոր հոդվածներին և առաջարկություններին։ PubCrawler-ը նաև գործում է որպես ավտոմատ ազդարարման համակարգ՝ ուղարկելով կարճ ծանուցումներ կամ էլեկտրոնային նամակներ վերջին թարմացումներով, երբ դրանք հասանելի են[40]։

PubMed Commons[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

2013 թվականին NCBI-ն գործարկել է PubMedCommons-ի փորձնական տարբերակը։ Ծառայությունը թույլ է տվել օգտատերերին հրապարակայնորեն մեկնաբանել տվյալների բազայում տեղադրված աբստրակցիաները։ Ստեղծողները ձգտում էին տարածություն ստեղծել գիտական աշխատանքների մասին բանավեճի համար[41] և այդպիսով պայքարել գիտական գիտելիքների վերարտադրելիության խնդրի դեմ[42], սակայն ծառայությունը իրարանցում չի առաջացրել հետազոտողների շրջանում։ Չնայած դրան, 2015 թվականին նախագծի ստեղծողները ևս մեկ տարով երկարացրեցին PubMedCommons-ի ֆինանսավորումը։ Սակայն այդ ժամանակահատվածում մեկնաբանություններ են մնացել 28 միլիոն հոդվածներից միայն 6000-ի համար, և 2018 թվականին վերջնական որոշում է կայացվել ծառայության աշխատանքը դադարեցնելու մասին[43]։ Օգտատերերին խորհուրդ է տրվել անցնել PubPeer-ի նման հարթակ, որը թույլ է տվել մեկնաբաններին անանուն մնալ[44]։

PubMed Mobile[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

2012 թվականին թողարկվել է PubMed հավելվածը iOS-ի համար։

2015 թվականին կայքը բջջային սարքերից ստուգող օգտատերերի համար հասանելի դարձավ PubMed Mobile—ի բջջային տարբերակը[45]։ 2020 թվականի թարմացումը բարելավել է PubMed Mobile-ի աշխատանքը դիմանկարային պատկերի հարաբերակցությամբ սարքերում[46]։

Ազդեցությունը[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

PubMed-ը կենսաբժշկական գրականության որոնման կարևորագույն գործիքներից մեկն է, այն համեմատում են Google-ի բնական գիտությունների որոնման համակարգի հետ։ Հարթակը օգտատերերին հնարավորություն է տալիս անվճար մուտք գործել անգլալեզու կենսաբժշկական գրեթե բոլոր հետազոտությունների վերաբերյալ միլիոնավոր գիտական հրապարակումների մեջբերումների տվյալների բազա[47]։ 2017 թվականի տվյալներով՝ ամեն օր պորտալ է այցելել մոտ 2,5 միլիոն օգտատեր[1]։

PubMed-ն առավել հաճախ օգտագործվում է կենսաբժշկության և բնական գիտությունների ոլորտում հետազոտողների և մասնագետների կողմից։ Այնուամենայնիվ, հասարակության լայն անդամները կարող են հեշտությամբ գտնել տեղեկատվություն ցանկացած հիվանդության վերաբերյալ առաջադեմ հետազոտությունների մասին[48]։ MEDLINE-ում ինդեքսավորված բոլոր աշխատանքները համապատասխանում են խիստ չափանիշներին, ուստի հրատարակիչները, գրադարանավարները և հեղինակները օգտագործում են ռեսուրսը իրենց աղբյուրների որակը ստուգելու համար[4]։

PubMed-ը նպաստում է բաց գիտության սկզբունքների տարածմանը և գիտական գիտելիքների ազատ հասանելիությանը։ Պորտալը կապված է PubMed Central-ի՝ հետազոտական գրականության առաջին առցանց պահեստի հետ։ 2005 թվականին NIH-ն իրականացրեց PubMed-ի կենտրոնական տվյալների բազայում գրախոսվող առաջնային պատճենների պարտադիր տրամադրման քաղաքականություն[49]։ Այսպիսով, պետության կողմից ֆինանսավորվող բոլոր հետազոտությունները հասանելի են դառնում հանրությանը։ Այն օգնում է պրակտիկ մասնագետներին մուտք գործել իրենց ոլորտի ամենակարևոր նյութերը և պայքարել դեմ։ Բաց հասանելիությունը նաև մեծացնում է հեղինակի ստեղծագործության մեջբերման հավանականությունը[4][19]։

Ծանոթագրություններ[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

  1. 1,0 1,1 Fiorini N., Lipman D., Lu Z. [10.7554/eLife.28801 Towards PubMed 2.0] // eLife. — 2017.
  2. 2,0 2,1 Michael Price (2020-05-22)։ «They redesigned PubMed, a beloved website. It hasn't gone over well»։ Science։ Արխիվացված է օրիգինալից 2022-05-21-ին։ Վերցված է 2022-06-19 
  3. «PubMed»։ PubMed։ Արխիվացված է օրիգինալից 2022-06-30-ին։ Վերցված է 2022-06-28 
  4. 4,0 4,1 4,2 4,3 4,4 4,5 4,6 4,7 4,8 Williamson, 2019
  5. 5,0 5,1 5,2 Benson, 1997
  6. 6,0 6,1 6,2 6,3 6,4 Lindberg, 2000
  7. 7,0 7,1 Hunter, 2006, էջեր 589—594
  8. 8,00 8,01 8,02 8,03 8,04 8,05 8,06 8,07 8,08 8,09 8,10 Gray, 2013
  9. 9,0 9,1 9,2 9,3 9,4 Cross, 2007
  10. J. Ostell Entrez: The NCBI Search and Discovery Engine // International Conference on Data Integration in the Life Sciences. — 2012.
  11. 11,0 11,1 11,2 11,3 11,4 Canese, 2013
  12. Kent Anderson (2017-09-07)։ «A Confusion of Journals — What Is PubMed Now?»։ The Scholarly Kitchen։ Արխիվացված է օրիգինալից 2022-03-24-ին։ Վերցված է 2022-06-22 
  13. Hewitt, A., Mackey, D. Keep PubMed running at all costs. // Nature. — 2013.
  14. «PubMed Help. PMID [PMID]»։ National Center for Biotechnology Information։ Արխիվացված է օրիգինալից 2013-07-11-ին։ Վերցված է 2013-07-23 
  15. «PubMed»։ PubMed։ Արխիվացված է օրիգինալից 2022-01-06-ին։ Վերցված է 2022-06-26 
  16. 16,0 16,1 Fitzpatrick, 2008
  17. 17,0 17,1 «OLDMEDLINE Citations Join PubMed®»։ NLM։ Արխիվացված է օրիգինալից 2022-04-15-ին։ Վերցված է 2022-06-24 
  18. Lathrop, 2018
  19. 19,0 19,1 19,2 Groote, 2000
  20. Eliot Marshall [DOI: 10.1126/science.286.5440.655a PNAS to Join PubMed Central--On Condition] // Science. — 1999.
  21. Wadman, M. PubMed Central offers deal on content. // Nature. — 2001.
  22. Sequeira, E., McEntyre, J. & Lipman, D. PubMed Central decentralized // Nature. — 2001.
  23. Roberts, 2001, էջեր 381—382
  24. «About PMC»։ PubMed Central։ Արխիվացված է օրիգինալից 2011-08-13-ին։ Վերցված է 2022-06-27 
  25. Manca, 2017
  26. Liz Pope PubMed Central // The Serials Librarian. — 2001.
  27. Vanteru, B.C., Shaik, J.S. & Yeasin, M. Semantically linking and browsing PubMed abstracts with gene ontology. // BMC Genomics. — 2008. — В. 9. — Т. 10.
  28. Fatehi, 2014
  29. Constantino Carlos Reyes-Aldasoro The proportion of cancer-related entries in PubMed has increased considerably; is cancer truly “The Emperor of All Maladies”? // Plos One. — 2017. — В. 3. — Т. 12.
  30. Mette Søgaard, P.Andersen, Henrik C.Schønheyder Searching PubMed for studies on bacteremia, bloodstream infection, septicemia, or whatever the best term is: A note of caution // American Journal of Infection Control. — 2012. — В. 3. — Т. 40.
  31. 31,0 31,1 31,2 Chapman, 2009
  32. «PubMed: The Basics: Medical Subject Headings (MeSH)»։ Marshall Ketchum University։ Վերցված է 2022-06-24 
  33. White, 2020
  34. 34,0 34,1 34,2 34,3 Fontelo, 2005
  35. Fontelo, P., Liu, F., Ackerman, M., Schardt, C. M., & Keitz, S. A. askMEDLINE: a report on a year-long experience // Annual Symposium proceedings. — 2006.
  36. «Searching PubMed: My NCBI Accounts»։ University Libraries։ Արխիվացված է օրիգինալից 2021-04-16-ին։ Վերցված է 2022-06-24 
  37. «PubMed Tips: PubMed (My NCBI)»։ Einstein։ Վերցված է 2022-06-24 (չաշխատող հղում)
  38. «LinkOut Providers»։ NCBI։ Արխիվացված է օրիգինալից 2017-10-14-ին։ Վերցված է 2022-06-28 
  39. Kwan, 2003
  40. Hokamp, K., & Wolfe, K. H. PubCrawler: keeping up comfortably with PubMed and GenBank // Nucleic acids research. — 2004.
  41. Reardon, S. PubMed opens for comment. // Nature. — 2013.
  42. Collins, F., Tabak, L. Policy: NIH plans to enhance reproducibility // Nature. — 2014.
  43. Elie Dolgin (2018-02-02)։ «PubMed Commons closes its doors to comments»։ Nature։ Արխիվացված է օրիգինալից 2022-06-17-ին։ Վերցված է 2022-06-20 
  44. «PubMed shuts down its comments feature, PubMed Commons»։ Retraction Watch։ Արխիվացված է օրիգինալից 2022-06-28-ին։ Վերցված է 2022-06-19 
  45. Neil Versel (2013-11-21)։ «PubMed mobile app far more popular than web»։ Mobi Health News։ Արխիվացված է օրիգինալից 2015-07-11-ին։ Վերցված է 2022-06-22 
  46. «Megan von Isenburg»։ iMedical Apps։ 2015-02-06։ Արխիվացված է օրիգինալից 2021-06-13-ին։ Վերցված է 2022-06-22 
  47. «Finding a Paper on PubMed Does Not Mean the Paper Is Any Good»։ McGill։ Արխիվացված է օրիգինալից 2022-06-02-ին։ Վերցված է 2022-06-28 
  48. Lu, 2010
  49. Michael Stebbinserica Davislucas Roylandand Gartrell White [DOI: 10.1126/science.313.5783.43b Public Access Failure at PubMed] // Science. — 2006.