Ստեփան Թոփչյանն ավարտել է Երևանի Խ․ Աբովյանի անվան հայկական մանկավարժական ինստիտուտի պատմալեզվագրական ֆակուլտետը։ 1959 թ. աշխատել է Արտասահմանյան երկրների հետ բարեկամության և մշակութային կապի հայկական ընկերությունում, 1960-1966 թթ.՝ ՀԽՍՀ Գիտությունների Ակադեմիայի Մ․ Աբեղյանի անվան գրականության ինստիտուտում։ 1967-1976 թթ. եղել է ՀԽՍՀ Գիտությունների Ակադեմիայի փիլիսոփայության և իրավունքի ինստիտուտի էսթետիկայի, ապա հայ փիլիսոփայության պատմության բաժնի ավագ գիտաշխատող, իսկ 1976-1979 թթ.՝ Հայկական Սովետական Հանրագիտարանի գլխավոր խմբագրի տեղակալը։ 1979 թվականից աշխատել է «Սովետական գրող» հրատարակչությունում, սկզբում որպես Գեղարվեստական արձակի խմբագրության բաժնի վարիչ, հետո՝ որպես Հայ դասական գրականության բաժնի վարիչ։ 1966 թվականին պաշտպանել է ատենախոսություն՝ «Շիրվանզադեի էսթետիկական հայացքները» թեմայով և դարձել բանասիրական գիտությունների թեկնածու։ 1993 թվականից մասամբ բնակվել է ԱՄՆ-ում՝ ակտիվորեն աշխատակցելով ամերիկահայ մամուլին։ Վերջին տարիներին պարբերաբար ապրել ու ստեղծագործել է Հայաստանում։ Նրա հիմնական աշխատություններից են՝ «Շիրվանզադեի էսթետիկան» (1963), «Րաֆֆու էսթետիկական հայացքները» (1971), «Հայ նոր գրականության պատմության» «Դանիել Վարուժան» գլուխը (հատոր 5, 1979), «Անհունի անդրադարձը» (1982) ու «Կերպ և իսկություն (1985) գրականագիտական ուսումնասիրությունների ժողովածուները, «Հայ քննադատության պատմության» «Հովհաննես Թումանյան» գլուխը (հատոր 2, 1998), «Ապագայի հիշողությունը» (երկու հատոր, 2003) և «Կարիճի տարի» (2016) հրապարակախոսական հոդվածների ժողովածուները, «Կյանք դարերի համար/Ավետիս Ահարոնյանի կյանքը» (2003) և «Հովսեփ Էմին» (2017) մենագրությունները։ Ստեփան Թոփչյանի վերջին՝ «Երվանդ Քոչար» մենագրությունը հրատարակության ընթացքում է։ Առայժմ անտիպ են մնում Լեսսինգի «Լաոկոոնի»՝ գերմաներենից հայերեն թարգմանությունը՝ ծավալուն ուսումնասիրությամբ, և Ուիլյամ Հոգարթի «Գեղեցկության վերլուծություն» տրակտատի մասին ուսումնասիրությունը։ Նրա «Հայկական նեոռոմանտիզմի էսթետիկայի ուրվագիծ» հիմնարար աշխատությունը համարվում է հայ գրականագիտության նվաճումներից մեկը և հիմք է ծառայել հետագա բազմաթիվ նոր ուսումնասիրությունների համար։ Ստեփան Թոփչյանը հեղինակ է մի քանի հարյուր հոդվածների, որոնք տպագրվել են հայ ու արտասահմանյան մամուլում, և բազմաթիվ գրքերի առաջաբանների։ Որպես ակտիվ մտավորական, նա մշտապես արագորեն արձագանքել է Հայաստանի ներքին ու արտաքին քաղաքական իրադարձություններին՝ տալով իրավիճակների հրատապ ու խորքային վերլուծություններ, բազմիցս հանդես է եկել հրապարակային ելույթներով ու հարցազրույցներով ինչպես Հայաստանում, այնպես էլ սփյուռքում։ Նաև ստեղծագործել է որպես նկարիչ։