Իր կարիերայի մեծ մասն անցկացրել է մայրաքաղաքային «Ռամպլա Խունիորսում», որի հետ նվաճել է ակումբի համար մինչ օրս միակ չեմպիոնական տիտղոսը։ Կարիերայի վերջին երեք մրցաշրջաններում հանդես է եկել «Պենյարոլի» կազմում և երեք անգամ էլ օգնել է իր թիմին հաղթել երկրի առաջնությունում։
Բալյեստերոսը Ուրուգվայի հավաքականի հիմնական դարպասապահն էր, որը 1930 թվականին դարձել է աշխարհի առաջին չեմպիոնը։ Նա անցկացրել է բոլոր հանդիպումները, այդ թվում՝ եզրափակիչը Արգենտինայի հավաքականի դեմ։ Առաջնության մեկնարկից առաջ առաջին համարը տրվել է Անդրես Մասալիին, սակայն մարզչական շտաբի կամային որոշմամբ վերջինս առաջնության մեկնարկից քիչ առաջ հեռացվել էր հավաքականի կազմից ոչ կարգապահ պահվածքի համար, ինչը Բալյեստերոսին հնարավորություն է տվել ներկայանալու։
Էնրիկե Բալյեստերոսը հիմնական դարպասապահն էր 1935 թվականին Հարավային Ամերիկայի հավաքականի համար հաղթական առաջնությունում։ 1937 թվականին Բալյեստերոսը մասնակցել է նաև մայրցամաքային առաջնությանը, որտեղ բազայում տեղի համար վիճել է «Ուոնդերերս»-ի Խուան Բեսուսոյի հետ[2]։