Սեզար Սանչեսն իր կարիերան սկսել է «Ռեալ Վալյադոլիդ» ակումբում, որտեղ հանդես է եկել մինչև 2000 թվականը։ Իսպանացի դարպասապահի հաջորդ ակումբը դարձել է Մադրիդի«Ռեալը», որտեղ նա անցկացրել է 5 տարի և 2002 թվականի դարձել է Չեմպիոնների լիգայի ոսկե մեդալակիր։ Նա հիմնական կազմում խաղադաշտ դուրս է եկել գավաթի խաղարկության եզրափակիչ խաղում՝ ընդդեմ Լևերկուզենի «Բայեռի»։ 2005 թվականին տեղափոխվել է իսպանական մեկ այլ ակումբ՝ «Ռեալ Սարագոսա»[4], որտեղ անցկացրել է ավելի քան 100 խաղ՝ հանդես գալով հիմնակա կազմում։ 2008 թվականին Սեզարը տեղափոխվել է մեկ այլ ակումբ՝ «Տոտենհեմ»[5], որտեղ եղել է պահեստային դարպասապահ։ 2008 թվականին նա ակումբի կազմում անցկացրել է մեկ խաղ՝ դուրս գալով փոխարինման Լիգայի գավաթի խաղարկության՝ «Լիվերպուլի» դեմ խաղում այն բանից հետո, երբ Գոմեսը վնասվածքի պատճառով պատգարակով դուրս է տարվել խաղադաշտից[6]։ 2019 թվականի հունվարին Սեզար Սանչեսը պայմանագիր է կնքել «Վալենսիայի» հետ։