«Ֆերմենտների միջազգային դասակարգում»–ի խմբագրումների տարբերություն

Content deleted Content added

Գծային

13:50, 11 Հունիսի 2015-ի տարբերակ

ՖՀ համար (ֆերմենտների դասակարգում) կամ ֆերմենտի կոդ, ֆերմենտի դասակարգման համար ըստ ընդունված միջազգային ձևաչափի։ Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնվում և անընդհատ թարմացվում է Ֆերմենտների հանձնաժողովի կողմից (անգլ.՝ Enzyme commission, այստեղից էլ «EC number» անվանումը անգլերեն գրականության մեջ, ռուս.՝ Комиссия по ферментам), որը բացվել է Կենսաքիմիայի և մոլեկուլային կենսաբանության միջազգային միությունում։ Դասակարգված են ավելի քան 3500 ֆերմենտեր։

Պատմություն

Ֆերմենտների անվանակարգը առաջին անգամ մշակվել է 1955 թվականին, երբ Կենսաքիմիկոսների միջազգային հանձնաժողովը Բրյուսելում սահմանել է Ֆերմենտների հանձնաժողով (Enzyme Commission)։ Անվանակարգի առաջին տարբերակը սահմանվել է 1961 թվականին և իր մեջ է ներառել 900 ֆերմենտներ, 1978 թվականի դասակարգման մեջ արդեն ներառված էին 2000, իսկ 1995 թվականին` 3500 ֆերմենտներ։

Դասակարգման սկզբունք

Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնված է նրանց ռեակցիունակության և սուբստրատային սպեցիֆիկության վրա, այլ ոչ թե իրենց սպիտակուցային կառուցվածքի վրա։ ՖՀ համարը ցույց է տալիս ֆերմենտի կատալիզած քիմիական ռեակցիայի տեսակը։ Այդ իսկ պատճառով տարբեր ֆերմենտներ կարող են ունենալ միևնույն ՖՀ-ն` չնայած իրենց կառուցվածքային տարբերությունների։ Օրինակ` պանկրեատիկ լիպազը և փայծախի լիպազը պատկանում են ՖՀ 3.1.1.3 համարին` շնորհիվ իրենց կատալիզած միևնույն քիմիական ռեակցիայի (ճարպերում էսթերային կապերի հիդրոլիզ)։ Բայց առաջին ֆերմենտը մարսողական համակարգի ֆերմենտ է և գործում է աղիներում, իսկ մյուսը պատկանում է այն ֆերմենտների շարքին, որոնք ապահովում են լիպոպրոտեինների փոխանակությունը արյան մեջ։

Գոյություն ունի «UniProt» տեղեկությունների բազան^[1], որտեղ նույնականացնում են սպիտակուցը ըստ իր առաջնային կառուցվածքի։ Այս երկու դասակարգումները լրացնում են միմյանց։

Համարի ձևաչափ

Յուրաքանչյուր դասակարգման համար պարունակում է ՖՀ կրճատումը և չորս թվեր, որոնք իրարից բաժանված են կետերով։ Յուրաքանչյուր հաջորդ թիվ ցույց է տալիս ֆերմենտի ավելի մասնակի ֆունկցիաները։ Քանի որ ֆերմենտների թիվն անընդհատ աճում է և տեղեկությունների բազան անընդհատ թարմացման է ենթարկվում, հնարավոր է ֆերմենտի համարի փոփոխություն կամ նույնիսկ հնարավոր է լինեն համարներ, որոնք զբաղեցված չեն։

Առաջին մակարդակի կոդ (առաջին թիվ, լինում է 1-6), ցույց է տալիս ֆերմենտների վեց գլխավոր դասերից մեկը։

Դաս	Կատալիզվող ռեակցիա	Ռեակցիայի տեսակ	Օրինակներ
ՖՀ 1 Օքսիդառեդուկտազներ	Օքսիդավերականգնիչ ռեակցիաներ	AH + B → A + BH A + O → AO	դեհիդրոգենազ, օքսիդազ, պերօքսիդազ, ռեդուկտազ, մոնոօքսիդազ, դիօքսիգենազ
ՖՀ 2 Տրանսֆերազներ	Ֆունկցիոնալ խմբի տեղափոխում մեկ սուբստրատից մյուսին	AB + C → A + BC	ամինոտրանսֆերազ, ֆոսֆոտրանսֆերազ, C1-տրանսֆերազ, գլիկոզիլտրանսֆերազ
ՖՀ 3 Հիդրոլազներ	Հիդրոլիզի արդյունքում մեկ սուբստրատից երկու պրոդուկտների առաջացում	AB + H₂O → AOH + BH	էսթերազ, գլիկոզիլ-հիդրոլազ, պեպտիդազ, ամիդազ
ՖՀ 4 Լիազներ (սինթազներ)	Խմբի ոչ հիդրոլիտիկ միացում կամ անջատում սուբստրատի մոլեկուլից	RCOCOOH → RCOH + CO₂	C-O-լիազ, C-S-լիազ, C-N-լիազ, C-C-լիազ
ՖՀ 5 Իզոմերազներ	Ներմոլեկուլային վերախմբավորում` սուբստրատի մոլեկուլի իզոմերացում	AB → BA	էպիմերազ, ցիս-տրանս-իզոմերազ, ներմոլեկուլային օքսիդառեդուկտազ
ՖՀ 6 Լիգազներ (սինթետազներ)	ԱԵՖ-ի միաժամանակյա հիդրոլիզով ուղեկցվող երկու մոլեկուլների միացում	X + Y+ ATP → XY + ADP + Pi	C-O-լիգազ, C-S-լիգազ, C-N-լիգազ, C-C-լիգազ

Երկրորդ մակարդակի կոդ (երկրորդ թիվ), ցույց է տալիս ենթադասը, որը բնութագրում է այն սուբստրատին, որը մասնակցում է տվյալ տիպի քիմիական ռեակցիային։ Օրինակ` տրասֆերազների մոտ երկրորդ թիվը ցույց է տալիս այն խումբը, որը ենթարկվում է տեղափոխմանը։
Երրորդ մակարդակի կոդ (երրորդ թիվ), ցույց է տալիս ավելի մասնավոր ենթադասեր (ենթաենթադասեր), որոնք տարբերվում են տվյալ ռեակցիաների տիպին մասնակցող դոնորների կամ ակցեպտորների քիմիական բնույթով։ Օրինակ` հիդրոլազների մոտ այս թիվը ցույց է տալիս հիդրոլիզվող կապի բնույթը, իսկ լիազների մոտ` անջատվող խմբի բնույթը։ Առաջին երեք թվերը լիովին որոշում են ֆերմենտի տեսակը։
Տվյալ ենթաենթադասին պատկանող ֆերմենտները ստանում են իրենց հերթական համարը (չորրորդ թիվ)։

Օրինակ` գլյուկոզօքսիդազ ֆերմենտի համարն է ՖՀ 1.1.3.4, որը նշանակում է

ՖՀ 1 — Օքսիդառեդուկտազներ,

ՖՀ 1.1 — Ալկոհոլօքսիդառեդուկտազներ,

ՖՀ 1.1.3 — Օքսիդառեդուկտազներ, որոնք օքսիդացնում են CH-OH խումբը և վերականգնում թթվածինը,

ՖՀ 1.1.3.4 — Օքսիդառեդուկտազներ, որոնք թթվածնի ներկայությամբ օքսիդացնում են գլյուկոզը:

Ընդհանուր առմամբ հայտնի են երեք տիպի գլյուկոզօքսիդազներ ստացված տարբեր տիպի օրգանիզմներից։

Տես նաև

Ֆերմենտներ

Ծանոթագրություններ

↑ «ENZYME (Enzyme nomenclature database)». ExPASy. Արխիվացված է օրիգինալից 2012-02-22-ին. Վերցված է 2006-03-14-ին.

Արտաքին հղումներ

[1] «ENZYME (Enzyme nomenclature database)». ExPASy. Արխիվացված է օրիգինալից 2012-02-22-ին. Վերցված է 2006-03-14-ին.

[1]

@@ Տող 1. / Տող 1. @@
-'''ՖՀ համար''' (ֆերմենտների դասակարգում) կամ '''ֆերմենտի կոդ''', ֆերմենտի դասակարգման համար ըստ ընդունված միջազգային ձևաչափի: Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնվում և անընդհատ թարմացվում է ''Ֆերմենտների հանձնաժողովի'' կողմից ({{lang-en|Enzyme commission}}, այստեղից էլ «EC number» անվանումը անգլերեն գրականության մեջ, {{lang-ru|Комиссия по ферментам}}), որը բացվել է Կենսաքիմիայի և մոլեկուլային կենսաբանության միջազգային միությունում: Դասակարգված են ավելի քան 3500 ֆերմենտեր:
+'''ՖՀ համար''' (ֆերմենտների դասակարգում) կամ '''ֆերմենտի կոդ''', ֆերմենտի դասակարգման համար ըստ ընդունված միջազգային ձևաչափի։ Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնվում և անընդհատ թարմացվում է ''Ֆերմենտների հանձնաժողովի'' կողմից ({{lang-en|Enzyme commission}}, այստեղից էլ «EC number» անվանումը անգլերեն գրականության մեջ, {{lang-ru|Комиссия по ферментам}}), որը բացվել է Կենսաքիմիայի և մոլեկուլային կենսաբանության միջազգային միությունում։ Դասակարգված են ավելի քան 3500 ֆերմենտեր։
 == Պատմություն ==
-Ֆերմենտների անվանակարգը առաջին անգամ մշակվել է [[1955]] թվականին, երբ Կենսաքիմիկոսների միջազգային հանձնաժողովը [[Բրյուսել|Բրյուսելում]] սահմանել է ''Ֆերմենտների հանձնաժողով'' (''Enzyme Commission''): Անվանակարգի առաջին տարբերակը սահմանվել է [[1961]] թվականին և իր մեջ է ներառել 900 ֆերմենտներ, [[1978]] թվականի դասակարգման մեջ արդեն ներառված էին 2000, իսկ [[1995]] թվականին` 3500 ֆերմենտներ:
+Ֆերմենտների անվանակարգը առաջին անգամ մշակվել է [[1955]] թվականին, երբ Կենսաքիմիկոսների միջազգային հանձնաժողովը [[Բրյուսել]]ում սահմանել է ''Ֆերմենտների հանձնաժողով'' (''Enzyme Commission'')։ Անվանակարգի առաջին տարբերակը սահմանվել է [[1961]] թվականին և իր մեջ է ներառել 900 ֆերմենտներ, [[1978]] թվականի դասակարգման մեջ արդեն ներառված էին 2000, իսկ [[1995]] թվականին` 3500 ֆերմենտներ։
 == Դասակարգման սկզբունք ==
-Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնված է նրանց ռեակցիունակության և սուբստրատային սպեցիֆիկության վրա, այլ ոչ թե իրենց [[Սպիտակուց|սպիտակուցային]] կառուցվածքի վրա: ՖՀ համարը ցույց է տալիս ֆերմենտի կատալիզած քիմիական ռեակցիայի տեսակը: Այդ իսկ պատճառով տարբեր ֆերմենտներ կարող են ունենալ միևնույն ՖՀ-ն` չնայած իրենց կառուցվածքային տարբերությունների: Օրինակ` պանկրեատիկ լիպազը և փայծախի լիպազը պատկանում են ՖՀ [http://www.expasy.org/cgi-bin/nicezyme.pl?3.1.1.3 3.1.1.3] համարին` շնորհիվ իրենց կատալիզած միևնույն քիմիական ռեակցիայի ([[Ճարպ|ճարպերում]] էսթերային կապերի [[հիդրոլիզ]]): Բայց առաջին ֆերմենտը մարսողական համակարգի ֆերմենտ է և գործում է աղիներում, իսկ մյուսը պատկանում է այն ֆերմենտների շարքին, որոնք ապահովում են [[Լիպոպրոտեիդներ|լիպոպրոտեինների]] փոխանակությունը [[Արյուն|արյան]] մեջ:
+Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնված է նրանց ռեակցիունակության և սուբստրատային սպեցիֆիկության վրա, այլ ոչ թե իրենց [[սպիտակուց]]ային կառուցվածքի վրա։ ՖՀ համարը ցույց է տալիս ֆերմենտի կատալիզած քիմիական ռեակցիայի տեսակը։ Այդ իսկ պատճառով տարբեր ֆերմենտներ կարող են ունենալ միևնույն ՖՀ-ն` չնայած իրենց կառուցվածքային տարբերությունների։ Օրինակ` պանկրեատիկ լիպազը և փայծախի լիպազը պատկանում են ՖՀ [http://www.expasy.org/cgi-bin/nicezyme.pl?3.1.1.3 3.1.1.3] համարին` շնորհիվ իրենց կատալիզած միևնույն քիմիական ռեակցիայի ([[ճարպ]]երում էսթերային կապերի [[հիդրոլիզ]])։ Բայց առաջին ֆերմենտը մարսողական համակարգի ֆերմենտ է և գործում է աղիներում, իսկ մյուսը պատկանում է այն ֆերմենտների շարքին, որոնք ապահովում են [[Լիպոպրոտեիդներ|լիպոպրոտեինների]] փոխանակությունը [[Արյուն|արյան]] մեջ։
-Գոյություն ունի «[[UniProt]]» տեղեկությունների բազան<ref>{{cite web| publisher   = ExPASy| title       = ENZYME (Enzyme nomenclature database)| url         = http://www.expasy.org/enzyme/| accessdate  = 2006-03-14| archiveurl  = http://www.webcitation.org/65eEP3DyV| archivedate = 2012-02-22}}</ref>, որտեղ նույնականացնում են սպիտակուցը ըստ իր առաջնային կառուցվածքի: Այս երկու դասակարգումները լրացնում են միմյանց:
+Գոյություն ունի «[[UniProt]]» տեղեկությունների բազան<ref>{{cite web| publisher   = ExPASy| title       = ENZYME (Enzyme nomenclature database)| url         = http://www.expasy.org/enzyme/| accessdate  = 2006-03-14| archiveurl  = http://www.webcitation.org/65eEP3DyV| archivedate = 2012-02-22}}</ref>, որտեղ նույնականացնում են սպիտակուցը ըստ իր առաջնային կառուցվածքի։ Այս երկու դասակարգումները լրացնում են միմյանց։
 === Համարի ձևաչափ ===
-Յուրաքանչյուր դասակարգման համար պարունակում է ՖՀ կրճատումը և չորս թվեր, որոնք իրարից բաժանված են կետերով: Յուրաքանչյուր հաջորդ թիվ ցույց է տալիս ֆերմենտի ավելի մասնակի ֆունկցիաները: Քանի որ ֆերմենտների թիվն անընդհատ աճում է և տեղեկությունների բազան անընդհատ թարմացման է ենթարկվում, հնարավոր է ֆերմենտի համարի փոփոխություն կամ նույնիսկ հնարավոր է լինեն համարներ, որոնք  զբաղեցված չեն:
+Յուրաքանչյուր դասակարգման համար պարունակում է ՖՀ կրճատումը և չորս թվեր, որոնք իրարից բաժանված են կետերով։ Յուրաքանչյուր հաջորդ թիվ ցույց է տալիս ֆերմենտի ավելի մասնակի ֆունկցիաները։ Քանի որ ֆերմենտների թիվն անընդհատ աճում է և տեղեկությունների բազան անընդհատ թարմացման է ենթարկվում, հնարավոր է ֆերմենտի համարի փոփոխություն կամ նույնիսկ հնարավոր է լինեն համարներ, որոնք  զբաղեցված չեն։
-* Առաջին մակարդակի կոդ (''առաջին թիվ'', լինում է 1-6), ցույց է տալիս ֆերմենտների վեց գլխավոր դասերից մեկը:
+* Առաջին մակարդակի կոդ (''առաջին թիվ'', լինում է 1-6), ցույց է տալիս ֆերմենտների վեց գլխավոր դասերից մեկը։
 {| class="wikitable" style="text-align:center"
 |-
@@ Տող 49. / Տող 49. @@
 | C-O-լիգազ, C-S-լիգազ, C-N-լիգազ, C-C-լիգազ
 |}
-* Երկրորդ մակարդակի կոդ (''երկրորդ թիվ''), ցույց է տալիս ենթադասը, որը բնութագրում է այն սուբստրատին, որը մասնակցում է տվյալ տիպի քիմիական ռեակցիային: Օրինակ` տրասֆերազների մոտ երկրորդ թիվը ցույց է տալիս այն խումբը, որը ենթարկվում է տեղափոխմանը:
+* Երկրորդ մակարդակի կոդ (''երկրորդ թիվ''), ցույց է տալիս ենթադասը, որը բնութագրում է այն սուբստրատին, որը մասնակցում է տվյալ տիպի քիմիական ռեակցիային։ Օրինակ` տրասֆերազների մոտ երկրորդ թիվը ցույց է տալիս այն խումբը, որը ենթարկվում է տեղափոխմանը։
-* Երրորդ մակարդակի կոդ (''երրորդ թիվ''), ցույց է տալիս ավելի մասնավոր ենթադասեր (ենթաենթադասեր), որոնք տարբերվում են տվյալ ռեակցիաների տիպին մասնակցող դոնորների կամ ակցեպտորների քիմիական բնույթով: Օրինակ` հիդրոլազների մոտ այս թիվը ցույց է տալիս հիդրոլիզվող կապի բնույթը, իսկ լիազների մոտ` անջատվող խմբի բնույթը: Առաջին երեք թվերը լիովին որոշում են ֆերմենտի տեսակը:
+* Երրորդ մակարդակի կոդ (''երրորդ թիվ''), ցույց է տալիս ավելի մասնավոր ենթադասեր (ենթաենթադասեր), որոնք տարբերվում են տվյալ ռեակցիաների տիպին մասնակցող դոնորների կամ ակցեպտորների քիմիական բնույթով։ Օրինակ` հիդրոլազների մոտ այս թիվը ցույց է տալիս հիդրոլիզվող կապի բնույթը, իսկ լիազների մոտ` անջատվող խմբի բնույթը։ Առաջին երեք թվերը լիովին որոշում են ֆերմենտի տեսակը։
-* Տվյալ ենթաենթադասին պատկանող ֆերմենտները ստանում են իրենց հերթական համարը (''չորրորդ թիվ''):
+* Տվյալ ենթաենթադասին պատկանող ֆերմենտները ստանում են իրենց հերթական համարը (''չորրորդ թիվ'')։
 Օրինակ` գլյուկոզօքսիդազ ֆերմենտի համարն է ՖՀ [http://www.expasy.org/enzyme/1.1.3.4 1.1.3.4], որը նշանակում է
 : ՖՀ 1 — Օքսիդառեդուկտազներ,
 : ՖՀ 1.1 — Ալկոհոլօքսիդառեդուկտազներ,
 : ՖՀ 1.1.3 — Օքսիդառեդուկտազներ, որոնք օքսիդացնում են CH-OH խումբը և վերականգնում թթվածինը,
 : ՖՀ 1.1.3.4 — Օքսիդառեդուկտազներ, որոնք թթվածնի ներկայությամբ օքսիդացնում են գլյուկոզը:
-Ընդհանուր առմամբ հայտնի են երեք տիպի գլյուկոզօքսիդազներ ստացված տարբեր տիպի օրգանիզմներից:
+Ընդհանուր առմամբ հայտնի են երեք տիպի գլյուկոզօքսիդազներ ստացված տարբեր տիպի օրգանիզմներից։
 == Տես նաև ==