Ալամագան կղզին գտնվում է Մարիանյան կղզեխմբի կենտրոնական մասում։ Խաղաղ օվկիանոսը ողողում է նրա ափերը։ Կղզուց 25կմ հարավ գտնվում է Գուգան կղզին, 48կմ դեպի հյուսիս ՝ Պագան կղզին[1]։ Ամենամոտը Հոնկոնգն է, Ասիա, գտնվում է 2600կմ հեռավորության վրա[2].: Ալամագանը ինչպես մյուս Մարիանյան կղզիները հրաբխային ծագման է և ունի օվալաձև հրաբխային կոն[2]։ Հրաբխային խարնարանը գտնվում է մի փոքր արևելքում և խորությունը կազմում է 350մ[1]։ Ռելիեֆը կղզու լեռնային է՝ կտրուկ լանջերով և խոր կիրճերով[1]։ Ալմագանի արևմտյան մասում տեղակայված են մարգագետիններ, կղզու մյուս տարածքը զուրկ է բուսականությունից։ Կղզու ամենաբարծր կետը հասնում է 744մ[2]։ Ալամագանի տարածքը կազմում է 11,11կմ²։