Ալամագան կղզին գտնվում է Մարիանյան կղզեխմբի կենտրոնական մասում։ Խաղաղ օվկիանոսը ողողում է նրա ափերը։ Կղզուց 25կմ հարավ գտնվում է Գուգան կղզին, 48կմ դեպի հյուսիս ՝ Պագան կղզին[2]։ Ամենամոտը Հոնկոնգն է, Ասիա, գտնվում է 2600կմ հեռավորության վրա[3].: Ալամագանը ինչպես մյուս Մարիանյան կղզիները հրաբխային ծագման է և ունի օվալաձև հրաբխային կոն[3]։ Հրաբխային խարնարանը գտնվում է մի փոքր արևելքում և խորությունը կազմում է 350մ[2]։ Ռելիեֆը կղզու լեռնային է՝ կտրուկ լանջերով և խոր կիրճերով[2]։ Ալմագանի արևմտյան մասում տեղակայված են մարգագետիններ, կղզու մյուս տարածքը զուրկ է բուսականությունից։ Կղզու ամենաբարծր կետը հասնում է 744մ[3]։ Ալամագանի տարածքը կազմում է 11,11կմ²։