Հրաչյա Միքայելյանը Հայաստանի առաջնությունում իր նորամուտը կատարել է 2000 թվականի մարտի 25-ին, երբ արդեն լրացել էր նրա 25 տարին։ Նորամուտը նշել է լիգայի նորեկ երևանյան «Դինամոյում»։ Առաջին իսկ տուրում Միքայելյանը խաղադաշտ է դուրս եկել թիմի մեկնարկային կազմում՝ մասնակցելով «Զվարթնոց-ԱԱԼ» ակումբի դեմ խաղին, որն ավարտվել է «Դինամոյի» պարտությամբ (0:2)։ Հաջորդ տուրում, որը կայացել է ապրիլի 4-ին Կապանում ընդդեմ տեղի «Լեռնագործի», Միքայելյանը նույնպես խաղադաշտ է դուրս եկել թիմի մեկնարկային կազմում և հանդիպման 32-րդ րոպեին գրավել տանտերերի դարպասը։ Այդ մրցաշրջանում Միքայելյանը մասնակցել է թիմի 26 խաղերից 23-ին[3]։ Սակայն «Դինամոն» չի կարողացել ամրապնդել իր դիրքերը Հայաստանի բարձրագույն լիգայում և նորից անցել է Առաջին լիգա, իսկ Միքայելյանը տեղափոխվել է երևանյան մեկ այլ ակումբ՝ «Դինամո-2000»։ 2002 թվականին՝ առաջին տուրի ավարտից հետո, տեղափոխվել է «Միկա», որտեղ մրցաշրջանի մնացած մասն անցկացնելուց հետո վերադարձել է «Դինամո-2000»։ Կարճ ժամանակ խաղալով Երևանում՝ Միքայելյանը նորից վերադարձել է Աշտարակ։
2003-2009 թվականներին Հրաչյա Միքայելյանը եղել է «Միկայի» մեկնարկային կազմի անփոփոխ խաղացող, ինչպես նաև թիմի ավագ երկար տարիների ընթացքում։ «Միկայի» կազմում Միքայելյանը երկու անգամ նվաճել է Հայաստանի գավաթը, դարձել Սուպերգավաթի դափնեկիր, երեք անգամ արժանացել է Հայաստանի առաջնության արծաթե, երկու անգամ՝ բրոնզե մեդալների։ 2010 թվականի առաջնության մրցաշրջանի սկսվելուց առաջ «Միկայի» մարզչական կազմը որոշել է հրաժարվել ֆուտբոլիստի ծառայություններից։ Որոշ ժամանակ անց Միքայելյանը պայմանագիր է կնքել Պրեմիեր լիգայի նորեկ դիլիջանյան «Իմպուլսի» հետ։ Առաջնության ավարտից հետո ակումբը չի երկարաձգել ֆուտբոլիստի հետ կնքված պայմանագրի ժամկետը։