Դենդրոգրամ

Վիքիպեդիայից՝ ազատ հանրագիտարանից
Հիերարխիկ/աստիճանակարգային կլաստերինգի դենդոգրամ՝ նոդերի բարձրությամբ (ստացվել է մանրէների 5S rRNA հաջորդականության տվյալներից[1] ):
Ծովային նահանգների հիերարխիկ կլաստավորման դենդոգրամի արդյունքը`մակաբույծների տեսակների առկայություն / բացակայություն հիման վրա[2]:
Կյանքի ծառի դենդրոգրամ: Այս ֆիլոգենետիկ ծառը ստացվել է Woese et al. rRNA վերլուծությունից:[3] Ներքևում գտնվող ուղղահայաց գիծը ներկայացնում է վերջին համընդհանուր նախնին (LUCA-last universal common ancestor):
RNA-Seq տվյալների ջերմային քարտեզը, որը ցույց է տալիս երկու դենդրոգրամ՝ ձախ և վերին սահմաններում :

Դենդրոգրամը դիագրամ է, որը ներկայացնում է ծառ։ Այս դիագրամային ներկայացման ձևը հաճախ օգտագործվում է տարբեր համատեքստերում.

  • հիերարխիկ կլաստերավորման մեջ այն ցույց է տալիս կլաստերների դասավորվածությունը համապատասխան վերլուծություններով[4]։
  • հաշվարկային կենսաբանության մեջ այն ցույց է տալիս գեների կամ նմուշների կլաստերավորումը, երբեմն էլ ջերմային քարտեզների լուսանցքում[5]։
  • Ֆիլոգենետիկայում այն ներկայացնում է կենսաբանական տարբեր միավորների միջև էվոլյուցիոն կապերը։ Այս դեպքում դենդրոգրամը կոչվում է նաև ֆիլոգենետիկ ծառ։

Դենդոգրամ անունը ծագել է երկու հին հունական բառերից՝ δένδρον (déndron-դենդրոն), որը նշանակում է «ծառ», և γράμμα (grámma-գրամմա), որը նշանակում է «նկարչություն, մաթեմատիկական կերպար"[6][7]:

Կլաստերինգի օրինակ[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Կլաստերինգի օրինակի համար ենթադրենք, որ հինգ միավորներ (ա-ե) խմբավորվել են UPGMA- ի կողմից գենետիկական հեռավորությունների մատրիցայի հիման վրա։ Հիերարխիկ կլաստերինգի դենդրոգրամը ցույց կտա հինգ նոդերի/հանգույցների մի սյունակ, որը ներկայացնում է սկզբնական տվյալները (այստեղ՝ առանձին միավորներ), իսկ մնացած հանգույցները ներկայացնում են այն կլաստերները, որոնց պատկանում են տվյալները, և դրանց հեռավորությունները (տարբերությունը)։ Միավորված կլաստերի միջև հեռավորությունը մոնոտոն է, որը մեծանում է միաձուլման մակարդակին համընթաց։ Յուրաքանչյուր նոդի բարձրությունը համամասն է դուստր նոդերի միջխմբային տարբերության արժեքին (աջ կողմում գտնվող հանգույցները ներկայացնում են անհատական դիտարկումներ՝ բոլորը զրոյական բարձրությամբ)։

Ծանոթագրություններ[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

  1. Swofford DL, Olsen GJ, Waddell PJ, Hillis DM (1996). «Phylogenetic inference». In Hillis DM, Moritz C, Mable BK (eds.). Molecular Systematics, 2nd edition. Sunderland, MA: Sinauer. էջեր 407-514. ISBN 9780878932825.
  2. «Global Diversity of Sponges (Porifera)». PLOS ONE. 2012. doi:10.1371/journal.pone.0035105. PMC 3338747. PMID 22558119.{{cite journal}}: CS1 սպաս․ չպիտակված ազատ DOI (link)
  3. Woese, Carl R.; Kandler, O; Wheelis, M (1990). «Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya» (PDF). Proc Natl Acad Sci USA. 87 (12): 4576–4579. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744. Արխիվացված է օրիգինալից (PDF) 2017 թ․ նոյեմբերի 7-ին. Վերցված է 2020 թ․ հունվարի 30-ին.
  4. Everitt, Brian (1998). Dictionary of Statistics. Cambridge, UK: Cambridge University Press. էջ 96. ISBN 0-521-59346-8.
  5. Wilkinson, Leland; Friendly, Michael (May 2009). «The History of the Cluster Heat Map». The American Statistician. 63 (2): 179–184. doi:10.1198/tas.2009.0033.
  6. Bailly, Anatole (1981 թ․ հունվարի 1). Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. ISBN 2010035283. OCLC 461974285.
  7. Bailly, Anatole. «Greek-french dictionary online». www.tabularium.be. Վերցված է 2018 թ․ հոկտեմբերի 20-ին.