Դենդրոգրամ

Վիքիպեդիայից՝ ազատ հանրագիտարանից
Jump to navigation Jump to search
Հիերարխիկ/աստիճանակարգային կլաստերինգի դենդոգրամ՝ նոդերի բարձրությամբ (ստացվել է մանրէների 5S rRNA հաջորդականության տվյալներից [1] ):
Ծովային նահանգների հիերարխիկ կլաստավորման դենդոգրամի արդյունքը`մակաբույծների տեսակների առկայություն / բացակայություն հիման վրա[2]:
Կյանքի ծառի դենդրոգրամ: Այս ֆիլոգենետիկ ծառը ստացվել է Woese et al. rRNA վերլուծությունից:[3] Ներքևում գտնվող ուղղահայաց գիծը ներկայացնում է վերջին համընդհանուր նախնին (LUCA-last universal common ancestor):
RNA-Seq տվյալների ջերմային քարտեզը, որը ցույց է տալիս երկու դենդրոգրամ՝ ձախ և վերին սահմաններում :

Դենդրոգրամը դիագրամ է, որը ներկայացնում է ծառ։ Այս դիագրամային ներկայացման ձևը հաճախ օգտագործվում է տարբեր համատեքստերում.

  • հիերարխիկ կլաստերավորման մեջ այն ցույց է տալիս կլաստերների դասավորվածությունը համապատասխան վերլուծություններով [4]։
  • հաշվարկային կենսաբանության մեջ այն ցույց է տալիս գեների կամ նմուշների կլաստերավորումը, երբեմն էլ ջերմային քարտեզների լուսանցքում[5]։
  • Ֆիլոգենետիկայում այն ներկայացնում է կենսաբանական տարբեր միավորների միջև էվոլյուցիոն կապերը։ Այս դեպքում դենդրոգրամը կոչվում է նաև ֆիլոգենետիկ ծառ։

Դենդոգրամ անունը ծագել է երկու հին հունական բառերից՝ δένδρον (déndron-դենդրոն), որը նշանակում է «ծառ», և γράμμα (grámma-գրամմա), որը նշանակում է «նկարչություն, մաթեմատիկական կերպար" [6][7]:

Կլաստերինգի օրինակ[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Կլաստերինգի օրինակի համար ենթադրենք, որ հինգ միավորներ (ա-ե) խմբավորվել են UPGMA- ի կողմից գենետիկական հեռավորությունների մատրիցայի հիման վրա։ Հիերարխիկ կլաստերինգի դենդրոգրամը ցույց կտա հինգ նոդերի/հանգույցների մի սյունակ, որը ներկայացնում է սկզբնական տվյալները (այստեղ՝ առանձին միավորներ), իսկ մնացած հանգույցները ներկայացնում են այն կլաստերները, որոնց պատկանում են տվյալները, և դրանց հեռավորությունները (տարբերությունը)։ Միավորված կլաստերի միջև հեռավորությունը մոնոտոն է, որը մեծանում է միաձուլման մակարդակին համընթաց։ Յուրաքանչյուր նոդի բարձրությունը համամասն է դուստր նոդերի միջխմբային տարբերության արժեքին (աջ կողմում գտնվող հանգույցները ներկայացնում են անհատական դիտարկումներ՝ բոլորը զրոյական բարձրությամբ)։

Ծանոթագրություններ[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

  1. Swofford DL, Olsen GJ, Waddell PJ, Hillis DM (1996)։ «Phylogenetic inference»։ in Hillis DM, Moritz C, Mable BK։ Molecular Systematics, 2nd edition։ Sunderland, MA: Sinauer։ էջեր 407–514։ ISBN 9780878932825 
  2. «Global Diversity of Sponges (Porifera)»։ PLOS ONE։ 2012։ PMC 3338747։ PMID 22558119։ doi:10.1371/journal.pone.0035105 
  3. Woese Carl R., Kandler O, Wheelis M (1990)։ «Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya»։ Proc Natl Acad Sci USA 87 (12): 4576–4579։ Bibcode:1990PNAS...87.4576W։ PMC 54159։ PMID 2112744։ doi:10.1073/pnas.87.12.4576 
  4. Everitt Brian (1998)։ Dictionary of Statistics։ Cambridge, UK: Cambridge University Press։ էջ 96։ ISBN 0-521-59346-8 
  5. Wilkinson Leland, Friendly Michael (May 2009)։ «The History of the Cluster Heat Map»։ The American Statistician 63 (2): 179–184։ doi:10.1198/tas.2009.0033 
  6. Bailly Anatole (1981-01-01)։ Abrégé du dictionnaire grec français։ Paris: Hachette։ ISBN 2010035283։ OCLC 461974285 
  7. Bailly Anatole։ «Greek-french dictionary online»։ www.tabularium.be։ Վերցված է հոկտեմբերի 20, 2018