ՌՆԹ-ների սեքվենավորում

Վիքիպեդիայից՝ ազատ հանրագիտարանից
Jump to navigation Jump to search

ՌՆԹ-ների սեքվենավորում, ՌՆԹ-ի առաջնային կառուցվածքի որոշում: Այս հասկացության տակ կարող ենք հասկանալ ինչպես մատրիցային ՌՆԹ-ների, անպես էլ չկոդավորող ՌՆԹ-ների նուկլեոտիդային հաջորդականության որոշումը: ՌՆԹ-ների ժամանակակից սեքվենավորումը (RNA-seq) հիմնված է կոդավորող ԴՆԹ-ի, հատվածի ուղղակի սեքվենավորման վրա[1] :

Պատմություն[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Սեքվենսների գրադարանի ստեղծման գործընթացը կարող է փոփոխվել՝ կապված բարձրարդյունավետ սեքվենսավորման հարթակի հետ: Ամեն հարթակի համար մշակվել են մի քանի համալիր հավաքածուներ՝ ՌՆԹ-ների տարբեր տիպի գրադարաններ ստեղծելու համար, որոնց ՌՆԹ-ների հաջորդականությունները հարմարեցվում են որոշակի տեխնոլոգիաների յուրահատուկ պահանջներին: Սակայն վերլուծվող օրինակի բնույթից կախված՝ ամեն տեխնոլոգիայի շրջանակներում կան ընդհանուր գծեր: Հաճախ մատրիցային ՌՆԹ-ի վրա որևէ ազդեցություն պարզելու համար ՌՆԹ-ի վերջում դրվում է պոլի-А պոչ, որպեսզի համոզվենք կոդավորող և չկոդավորող ՌՆԹ-ների սահմանազատման մեջ: Դրան կարող ենք հասնել տվյալ տեղամասի հետ միասին՝ օլիգո T պրայմերի հասարակ այրմամբ: Այդ նպատակով այժմ հաճախ օգտագործում են մագնիսական ուլունքներ:

Պոլի-А ՌՆԹ-ների գրադարան[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

Արագ և լայնածավալ սեքվենավորման տեխնոլոգիական հիմքն ստեղծվել է 2005 թվականին`454 Life Sciences և IIIumina (նախկինում Solexsa) ընկերությունների կողմից՝ սկզբում օգտագործելով գենոմների սեքվենավորման համար: Տրանսկրիպտոմների (տրանսկրիպցիայի միջոցով ստացված նյութեր) սեքվենաուլունքներ:

Այժմ որպես ՌՆԹ-ի լայնամասշտաբ սեքվենավորման գործիքային հարթակ օգտագործվում են IIIumina, 454 Life Sciences և SOLID միջոցները: Ի տարբերություն տրանսկրիպտոմի վերլուծության մեկ այլ լայնամասշտաբ կիրառվող մեթոդի՝ էքսպրեսիոն միկրոչիպերի, ՌՆԹ սեքվենավորումը հնարավորություն է տալիս տվյալներ ստանալ տրանսկրիպտոմների սպլայս տարբերակների, նուկլեոտիդային խմբագրումների, միանուկլեոտիդային պոլիմորֆիզմների (բազմաձևություննրի), ինչպես նաև քիմերային գեներ մասին: Բացի այդ, ՌՆԹ-ների սիքվենավորումը հնարավորություն է տալիս ստանալ քանակական բացարձակ տեղեկություններ փորձանմուշի տրանսկրիպտոմների մասին՝ ի տարբերություն միկրոչիպերի հարաբերական քանակական տվյալների:

Ծանոթագրություններ[խմբագրել | խմբագրել կոդը]

  1. Wang Z, Gerstein M, Snyder M. (January 2009)։ «RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics»։ Nature Reviews Genetics 10 (1): 57–63։ PMC 2949280։ PMID 19015660։ doi:10.1038/nrg2484