Հովհաննես Հակոբյանը ծնվել է 1876 թվականի օգոստոսի 16-ին, Արևմտյան Հայաստանի Վան քաղաքի Այգեստան թաղամասում։ 1890-ական թվականներին սովորել է Էջմիածնի Գևորգյան ճեմարանում, 1904 թվականին ավարտել է Վիսկոնսինի (ԱՄՆ) համալսարանի պատմագրության ֆակուլտետը, նույն համալսարանի պրոֆեսոր։ 1907 թվականին Նյու Յորքում հրատարակել է «Արաքս» ամսագիրը։ 1908 թվականին, որպես «Նյու Յորք իվնինգ փոստի» թղթակից, մեկնել է Թուրքիա։ Հաս-կրթական գործունեություն է ծավալել Արևմտյան Հայաստանում և հայաբնակ վայրերում։ 1912 թվականին Կարինի Սանասարյան վարժարանի տեսուչն էր։ 1915 թվականին Թիֆլիսում աշխատակցել է «Մշակին», զբաղվել հայ գաղթականների տեղավորման և նյութական օգնության գործով։ 1922-1927 թվականներին՝ «Արև» օրաթերթի խմբագրապետ։ 1927 թվականից բնակություն է հաստատել Հայաստանում։ 1928 թվականից դասավանդել է ԵՊՀ-ում, միաժամանակ եղել «Մելքոնյան ֆոնդի» պատասխանատու քարտուղարը ՀԽՍՀ-ում։ Հովհաննես Հակոբյանի նախաձեռնությամբ և «Մելգոնյան ֆոնդի» միջոցներով 1933-1937 թվականներին կառուցվել է Ալ․ Մյասնիկյանի անվան պետական հանրային գրադարանի մասնաշենքը (որտեղ էլ գտնվում էր Մատենադարանը), Երևանի պետական համալսարանի աստղադիտարանը, տպարանն ու հրատարակչությունը, ինչպես նաև, արտասահմանից Հայաստան են բերվել բազմաթիվ ձեռագրեր[5]։
Հակոբյանի գիտական ուսումնասիրությունները նվիրված են Հայաստանի, Անդրկովկասի և Մերձավոր Արևելքի մասին եվրոպացի ճանապարհորդների թողած ուղեգրություններին։ Հրապարակախոսական երկերում մերկացրել է գերմանացի իմպերիալիզմի նվաճողական քաղաքականությունը Թուրքիայում և Անդրկովկասում («Գերման դավը Կովկասի մեջ», 1917, «Թուրքիա Գերման ճանկերուն մեջ», 1918)։
1938 թվականի հուլիսի 18-ին Հովհաննես Հակոբյանը անհիմն դատապարտվել է գնդակահարության՝ անձնական գույքի բռնագրավմամբ։ 1956 թվականի ապրիլի 28-ին Հակոբյանի քննչական գործը վերանայվել է, և հանցակազմի բացակայության պատճառով նա լիովին արդարացվել է։
↑Ի հիշատակ Վանի ինքնապաշտպանության ժամանակ զոհված եղբոր՝ Շահենի, որին թուրքական իշխանությունները Շաքիր աղայի դեմ մահափորձ կազմակերպելու համար ձերբակալել ու մահապատժի էին ենթարկել։
Այս հոդվածի կամ նրա բաժնի որոշակի հատվածի սկզբնական կամ ներկայիս տարբերակը վերցված է Քրիեյթիվ Քոմմոնս Նշում–Համանման տարածում 3.0 (Creative Commons BY-SA 3.0) ազատ թույլատրագրով թողարկված Հայկական սովետական հանրագիտարանից (հ․ 6, էջ 74)։
Այս հոդվածի նախնական տարբերակը կամ նրա մասը վերցված է Հայկական համառոտ հանրագիտարանից, որի նյութերը թողարկված են՝ Քրիեյթիվ Քոմմոնս Նշում–Համանման տարածում 3.0 (Creative Commons BY-SA 3.0) թույլատրագրի ներքո։