«Ֆերմենտների միջազգային դասակարգում»–ի խմբագրումների տարբերություն

Content deleted Content added

Գծային

14:09, 13 Հուլիսի 2016-ի տարբերակ

ՖՀ համար (ֆերմենտների դասակարգում) կամ ֆերմենտի կոդ, ֆերմենտի դասակարգման համար ըստ ընդունված միջազգային ձևաչափի։ Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնվում և անընդհատ թարմացվում է Ֆերմենտների հանձնաժողովի կողմից (անգլ.՝ Enzyme commission, այստեղից էլ «EC number» անվանումը անգլերեն գրականության մեջ, ռուս.՝ Комиссия по ферментам), որը բացվել է Կենսաքիմիայի և մոլեկուլային կենսաբանության միջազգային միությունում։ Դասակարգված են ավելի քան 3500 ֆերմենտեր։

Պատմություն

Ֆերմենտների անվանակարգը առաջին անգամ մշակվել է 1955 թվականին, երբ Կենսաքիմիկոսների միջազգային հանձնաժողովը Բրյուսելում սահմանել է Ֆերմենտների հանձնաժողով (Enzyme Commission)։ Անվանակարգի առաջին տարբերակը սահմանվել է 1961 թվականին և իր մեջ է ներառել 900 ֆերմենտներ, 1978 թվականի դասակարգման մեջ արդեն ներառված էին 2000, իսկ 1995 թվականին՝ 3500 ֆերմենտներ։

Դասակարգման սկզբունք

Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնված է նրանց ռեակցիունակության և սուբստրատային սպեցիֆիկության վրա, այլ ոչ թե իրենց սպիտակուցային կառուցվածքի վրա։ ՖՀ համարը ցույց է տալիս ֆերմենտի կատալիզած քիմիական ռեակցիայի տեսակը։ Այդ իսկ պատճառով տարբեր ֆերմենտներ կարող են ունենալ միևնույն ՖՀ-ն՝ չնայած իրենց կառուցվածքային տարբերությունների։ Օրինակ՝ պանկրեատիկ լիպազը և փայծախի լիպազը պատկանում են ՖՀ 3.1.1.3 համարին՝ շնորհիվ իրենց կատալիզած միևնույն քիմիական ռեակցիայի (ճարպերում էսթերային կապերի հիդրոլիզ)։ Բայց առաջին ֆերմենտը մարսողական համակարգի ֆերմենտ է և գործում է աղիներում, իսկ մյուսը պատկանում է այն ֆերմենտների շարքին, որոնք ապահովում են լիպոպրոտեինների փոխանակությունը արյան մեջ։

Գոյություն ունի «UniProt» տեղեկությունների բազան^[1], որտեղ նույնականացնում են սպիտակուցը ըստ իր առաջնային կառուցվածքի։ Այս երկու դասակարգումները լրացնում են միմյանց։

Համարի ձևաչափ

Յուրաքանչյուր դասակարգման համար պարունակում է ՖՀ կրճատումը և չորս թվեր, որոնք իրարից բաժանված են կետերով։ Յուրաքանչյուր հաջորդ թիվ ցույց է տալիս ֆերմենտի ավելի մասնակի ֆունկցիաները։ Քանի որ ֆերմենտների թիվն անընդհատ աճում է և տեղեկությունների բազան անընդհատ թարմացման է ենթարկվում, հնարավոր է ֆերմենտի համարի փոփոխություն կամ նույնիսկ հնարավոր է լինեն համարներ, որոնք զբաղեցված չեն։

Առաջին մակարդակի կոդ (առաջին թիվ, լինում է 1-6), ցույց է տալիս ֆերմենտների վեց գլխավոր դասերից մեկը։

Դաս	Կատալիզվող ռեակցիա	Ռեակցիայի տեսակ	Օրինակներ
ՖՀ 1 Օքսիդառեդուկտազներ	Օքսիդավերականգնիչ ռեակցիաներ	AH + B → A + BH A + O → AO	դեհիդրոգենազ, օքսիդազ, պերօքսիդազ, ռեդուկտազ, մոնոօքսիդազ, դիօքսիգենազ
ՖՀ 2 Տրանսֆերազներ	Ֆունկցիոնալ խմբի տեղափոխում մեկ սուբստրատից մյուսին	AB + C → A + BC	ամինոտրանսֆերազ, ֆոսֆոտրանսֆերազ, C1-տրանսֆերազ, գլիկոզիլտրանսֆերազ
ՖՀ 3 Հիդրոլազներ	Հիդրոլիզի արդյունքում մեկ սուբստրատից երկու պրոդուկտների առաջացում	AB + H₂O → AOH + BH	էսթերազ, գլիկոզիլ-հիդրոլազ, պեպտիդազ, ամիդազ
ՖՀ 4 Լիազներ (սինթազներ)	Խմբի ոչ հիդրոլիտիկ միացում կամ անջատում սուբստրատի մոլեկուլից	RCOCOOH → RCOH + CO₂ [X-A-B-Y] → [A=B + X-Y]	C-O-լիազ, C-S-լիազ, C-N-լիազ, C-C-լիազ
ՖՀ 5 Իզոմերազներ	Ներմոլեկուլային վերախմբավորում՝ սուբստրատի մոլեկուլի իզոմերացում	AB → BA	էպիմերազ, ցիս-տրանս-իզոմերազ, ներմոլեկուլային օքսիդառեդուկտազ
ՖՀ 6 Լիգազներ (սինթետազներ)	ԱԵՖ-ի միաժամանակյա հիդրոլիզով ուղեկցվող երկու մոլեկուլների միացում	X + Y+ ATP → XY + ADP + Pi	C-O-լիգազ, C-S-լիգազ, C-N-լիգազ, C-C-լիգազ

Երկրորդ մակարդակի կոդ (երկրորդ թիվ), ցույց է տալիս ենթադասը, որը բնութագրում է այն սուբստրատին, որը մասնակցում է տվյալ տիպի քիմիական ռեակցիային։ Օրինակ՝ տրասֆերազների մոտ երկրորդ թիվը ցույց է տալիս այն խումբը, որը ենթարկվում է տեղափոխմանը։
Երրորդ մակարդակի կոդ (երրորդ թիվ), ցույց է տալիս ավելի մասնավոր ենթադասեր (ենթաենթադասեր), որոնք տարբերվում են տվյալ ռեակցիաների տիպին մասնակցող դոնորների կամ ակցեպտորների քիմիական բնույթով։ Օրինակ՝ հիդրոլազների մոտ այս թիվը ցույց է տալիս հիդրոլիզվող կապի բնույթը, իսկ լիազների մոտ՝ անջատվող խմբի բնույթը։ Առաջին երեք թվերը լիովին որոշում են ֆերմենտի տեսակը։
Տվյալ ենթաենթադասին պատկանող ֆերմենտները ստանում են իրենց հերթական համարը (չորրորդ թիվ)։

Օրինակ՝ գլյուկոզօքսիդազ ֆերմենտի համարն է ՖՀ 1.1.3.4, որը նշանակում է

ՖՀ 1 — Օքսիդառեդուկտազներ,

ՖՀ 1.1 — Ալկոհոլօքսիդառեդուկտազներ,

ՖՀ 1.1.3 — Օքսիդառեդուկտազներ, որոնք օքսիդացնում են CH-OH խումբը և վերականգնում թթվածինը,

ՖՀ 1.1.3.4 — Օքսիդառեդուկտազներ, որոնք թթվածնի ներկայությամբ օքսիդացնում են գլյուկոզը:

Ընդհանուր առմամբ հայտնի են երեք տիպի գլյուկոզօքսիդազներ ստացված տարբեր տիպի օրգանիզմներից։

Տես նաև

Ֆերմենտներ

Ծանոթագրություններ

↑ «ENZYME (Enzyme nomenclature database)». ExPASy. Արխիվացված է օրիգինալից 2012-02-22-ին. Վերցված է 2006-03-14-ին.

Արտաքին հղումներ

[1] «ENZYME (Enzyme nomenclature database)». ExPASy. Արխիվացված է օրիգինալից 2012-02-22-ին. Վերցված է 2006-03-14-ին.

[1]

@@ Տող 2. / Տող 2. @@
 == Պատմություն ==
-Ֆերմենտների անվանակարգը առաջին անգամ մշակվել է [[1955]] թվականին, երբ Կենսաքիմիկոսների միջազգային հանձնաժողովը [[Բրյուսել]]ում սահմանել է ''Ֆերմենտների հանձնաժողով'' (''Enzyme Commission'')։ Անվանակարգի առաջին տարբերակը սահմանվել է [[1961]] թվականին և իր մեջ է ներառել 900 ֆերմենտներ, [[1978]] թվականի դասակարգման մեջ արդեն ներառված էին 2000, իսկ [[1995]] թվականին` 3500 ֆերմենտներ։
+Ֆերմենտների անվանակարգը առաջին անգամ մշակվել է [[1955]] թվականին, երբ Կենսաքիմիկոսների միջազգային հանձնաժողովը [[Բրյուսել]]ում սահմանել է ''Ֆերմենտների հանձնաժողով'' (''Enzyme Commission'')։ Անվանակարգի առաջին տարբերակը սահմանվել է [[1961]] թվականին և իր մեջ է ներառել 900 ֆերմենտներ, [[1978]] թվականի դասակարգման մեջ արդեն ներառված էին 2000, իսկ [[1995]] թվականին՝ 3500 ֆերմենտներ։
 == Դասակարգման սկզբունք ==
-Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնված է նրանց ռեակցիունակության և սուբստրատային սպեցիֆիկության վրա, այլ ոչ թե իրենց [[սպիտակուց]]ային կառուցվածքի վրա։ ՖՀ համարը ցույց է տալիս ֆերմենտի կատալիզած քիմիական ռեակցիայի տեսակը։ Այդ իսկ պատճառով տարբեր ֆերմենտներ կարող են ունենալ միևնույն ՖՀ-ն` չնայած իրենց կառուցվածքային տարբերությունների։ Օրինակ` պանկրեատիկ լիպազը և փայծախի լիպազը պատկանում են ՖՀ [http://www.expasy.org/cgi-bin/nicezyme.pl?3.1.1.3 3.1.1.3] համարին` շնորհիվ իրենց կատալիզած միևնույն քիմիական ռեակցիայի ([[ճարպ]]երում էսթերային կապերի [[հիդրոլիզ]])։ Բայց առաջին ֆերմենտը մարսողական համակարգի ֆերմենտ է և գործում է աղիներում, իսկ մյուսը պատկանում է այն ֆերմենտների շարքին, որոնք ապահովում են [[Լիպոպրոտեիդներ|լիպոպրոտեինների]] փոխանակությունը [[Արյուն|արյան]] մեջ։
+Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնված է նրանց ռեակցիունակության և սուբստրատային սպեցիֆիկության վրա, այլ ոչ թե իրենց [[սպիտակուց]]ային կառուցվածքի վրա։ ՖՀ համարը ցույց է տալիս ֆերմենտի կատալիզած քիմիական ռեակցիայի տեսակը։ Այդ իսկ պատճառով տարբեր ֆերմենտներ կարող են ունենալ միևնույն ՖՀ-ն՝ չնայած իրենց կառուցվածքային տարբերությունների։ Օրինակ՝ պանկրեատիկ լիպազը և փայծախի լիպազը պատկանում են ՖՀ [http://www.expasy.org/cgi-bin/nicezyme.pl?3.1.1.3 3.1.1.3] համարին՝ շնորհիվ իրենց կատալիզած միևնույն քիմիական ռեակցիայի ([[ճարպ]]երում էսթերային կապերի [[հիդրոլիզ]])։ Բայց առաջին ֆերմենտը մարսողական համակարգի ֆերմենտ է և գործում է աղիներում, իսկ մյուսը պատկանում է այն ֆերմենտների շարքին, որոնք ապահովում են [[Լիպոպրոտեիդներ|լիպոպրոտեինների]] փոխանակությունը [[Արյուն|արյան]] մեջ։
 Գոյություն ունի «[[UniProt]]» տեղեկությունների բազան<ref>{{cite web| publisher   = ExPASy| title       = ENZYME (Enzyme nomenclature database)| url         = http://www.expasy.org/enzyme/| accessdate  = 2006-03-14| archiveurl  = http://www.webcitation.org/65eEP3DyV| archivedate = 2012-02-22}}</ref>, որտեղ նույնականացնում են սպիտակուցը ըստ իր առաջնային կառուցվածքի։ Այս երկու դասակարգումները լրացնում են միմյանց։
@@ Տող 40. / Տող 40. @@
 |-
 ! ՖՀ 5<br />''[[Իզոմերազներ]]''
-| Ներմոլեկուլային վերախմբավորում` սուբստրատի մոլեկուլի իզոմերացում
+| Ներմոլեկուլային վերախմբավորում՝ սուբստրատի մոլեկուլի իզոմերացում
 | AB → BA</td>
 | էպիմերազ, ցիս-տրանս-իզոմերազ,<br />ներմոլեկուլային օքսիդառեդուկտազ
@@ Տող 49. / Տող 49. @@
 | C-O-լիգազ, C-S-լիգազ, C-N-լիգազ, C-C-լիգազ
 |}
-* Երկրորդ մակարդակի կոդ (''երկրորդ թիվ''), ցույց է տալիս ենթադասը, որը բնութագրում է այն սուբստրատին, որը մասնակցում է տվյալ տիպի քիմիական ռեակցիային։ Օրինակ` տրասֆերազների մոտ երկրորդ թիվը ցույց է տալիս այն խումբը, որը ենթարկվում է տեղափոխմանը։
+* Երկրորդ մակարդակի կոդ (''երկրորդ թիվ''), ցույց է տալիս ենթադասը, որը բնութագրում է այն սուբստրատին, որը մասնակցում է տվյալ տիպի քիմիական ռեակցիային։ Օրինակ՝ տրասֆերազների մոտ երկրորդ թիվը ցույց է տալիս այն խումբը, որը ենթարկվում է տեղափոխմանը։
-* Երրորդ մակարդակի կոդ (''երրորդ թիվ''), ցույց է տալիս ավելի մասնավոր ենթադասեր (ենթաենթադասեր), որոնք տարբերվում են տվյալ ռեակցիաների տիպին մասնակցող դոնորների կամ ակցեպտորների քիմիական բնույթով։ Օրինակ` հիդրոլազների մոտ այս թիվը ցույց է տալիս հիդրոլիզվող կապի բնույթը, իսկ լիազների մոտ` անջատվող խմբի բնույթը։ Առաջին երեք թվերը լիովին որոշում են ֆերմենտի տեսակը։
+* Երրորդ մակարդակի կոդ (''երրորդ թիվ''), ցույց է տալիս ավելի մասնավոր ենթադասեր (ենթաենթադասեր), որոնք տարբերվում են տվյալ ռեակցիաների տիպին մասնակցող դոնորների կամ ակցեպտորների քիմիական բնույթով։ Օրինակ՝ հիդրոլազների մոտ այս թիվը ցույց է տալիս հիդրոլիզվող կապի բնույթը, իսկ լիազների մոտ՝ անջատվող խմբի բնույթը։ Առաջին երեք թվերը լիովին որոշում են ֆերմենտի տեսակը։
 * Տվյալ ենթաենթադասին պատկանող ֆերմենտները ստանում են իրենց հերթական համարը (''չորրորդ թիվ'')։
-Օրինակ` գլյուկոզօքսիդազ ֆերմենտի համարն է ՖՀ [http://www.expasy.org/enzyme/1.1.3.4 1.1.3.4], որը նշանակում է
+Օրինակ՝ գլյուկոզօքսիդազ ֆերմենտի համարն է ՖՀ [http://www.expasy.org/enzyme/1.1.3.4 1.1.3.4], որը նշանակում է
 : ՖՀ 1 — Օքսիդառեդուկտազներ,
 : ՖՀ 1.1 — Ալկոհոլօքսիդառեդուկտազներ,