Տասնյոթ տարեկան հասակում Էդգար Սաֆարյանն ընդգրկվել է «Կոտայքի» երկրորդ կազմում, որը հանդես էր գալիս 1995 թվականի Հայաստանի բարձրագույն լիգայի ոչ պաշտոնական առաջնությունում։ Հաջորդ մրցաշրջանում տեղափոխվել է մայրաքաղաքային ԲԿՄԱ, որտեղից մրցաշրջանի ավարտից հետո վերադարձել է «Կոտայք»՝ ընդգրկվելով արդեն հիմնական թիմի կազմում։ Սակայն երկրորդ փորձից թիմի հիմնական կազմում իր տեղն ամրապնդել Սաֆարյանին չի հաջողվել, և արդյունավետությունն էլ փայլուն չի եղել։ Նա տեղափոխվել է «Էրեբունի», որ կազմալուծվել է 1999 թվականին, և Սաֆարյանն ստիպված է եղել փնտրել նոր ակումբ։ Նրա նոր ակումբը դարձել է Երևանի «Արարատը», որի կազմում նա հայտնվել է 21 տարեկանում, և որի կազմում անցկացրել է իր կարիերայի մեծ մասը (ընդմիջումներով, 2005 թվականին խաղացել է «Լեռնային Արցախում», 2007 թվականին՝ «Գանձասարում»)։ 2003 թվականին «Արարատը» հեռացվել է Հայաստանի ֆուտբոլի ֆեդերացիայի և ՈՒԵՖԱ հովանու ներքո անցկացվող բոլոր մրցաշարերից, որովհետև հրաժարվել է իր կազմում հանդես եկող հինգ ֆուտբոլիստների ուղարկել մասնակցելու Իսրայելի հավաքականի դեմ Հայաստանի հավաքականի խաղին։ Սաֆարյանը մնացել է ակումբում ու շարունակել մարզվել։ Ակումբում տիրող անկայունության շրջանից հետո Սաֆարյանը տեղափոխվել է Կապան, որտեղ ընդգրկվել է տեղի «Գանձասարի» կազմում։ Մեկ մրցաշրջան խաղալով Հարավային Հայաստանի թիմում՝ Սաֆարյանը կրկին վերադարձել է «Արարատ»։
2010 թվականի փետրվարին Էդգար Սաֆարյանը հայտարարել է խաղացողի կարիերան ավարտելու մասին[2]։