Համալսարանը բացվել է 1558 թ. Ենայի ակադեմիական գիմնազիայի հիման վրա։ Ենայի համալսարանի ծաղկման առաջին շրջանը վերաբերում է 17-րդ դարի 2-րդ կեսին։ 18-րդ դարի վերջին դարձել է գերմանական բուրժուազիայի դասական փիլիսոփայության և հեղափոխական գաղափարների կենտրոն։ 1973-1974 ուսումնական տարում համալսարանում կար 15 ֆակուլտետ, ավելի քան 5 հազար ուսանող, 500 դասախոս։ Գրադարանը՝ հիմնադրված 1558 թ., ուներ ավելի քան 2 միլիոն գիրք (1975 թ.)։
Այս հոդվածի կամ նրա բաժնի որոշակի հատվածի սկզբնական կամ ներկայիս տարբերակը վերցված է Քրիեյթիվ Քոմմոնս Նշում–Համանման տարածում 3.0 (Creative Commons BY-SA 3.0) ազատ թույլատրագրով թողարկված Հայկական սովետական հանրագիտարանից (հ․ 3, էջ 514)։