1985-1986 թվականներին Արա Նիգոյանը հանդես է եկել ԽՍՀՄ երկրորդ լիգայի «Սպարտակ» (Հոկտեմբերյան) ակումբում, որի կազմում անցկացրել է 43 հանդիպում և խփել յոթ գոլ։ Հայաստանի առաջնությունում խաղացել է «Բանանց» (1992-1994), «Արարատ» (1995-1996, 1997, 2000-2001), «Երևան» (1998-1999) ակումբներում։ 1996/97 մրցաշրջանն անցկացրել է Թեհրանի «Արարատ» ակումբում։ Պրոֆեսիոնալ կարիերան ավարտել է Հայաստանի առաջին լիգայի «Արմավիր» (2002) և «Լոկոմոտիվ» (Երևան) ակումբներում
Խորհրդային Միության պատանեկան հավաքականի կազմում Արա Նիգոյանը մասնակցել է ՈՒԵՖԱ 1985 թվականի մրցաշարին (մինչև 16 տարեկաններ)։ Հայաստանի հավաքականի կազմում մասնակցել է երեք հանդիպման։ 1992 թվականի հոկտեմբերի 14-ին փոխարինման է դուրս եկել հավաքականի պատմության մեջ տեղի ունեցած առաջին խաղի՝ Մոլդովայի հավաքականի հետ հանդիպման 62-րդ րոպեին (0:0)։ 1995 թվականի հունիսի 7-ին մասնակցել է 1996 թվականի Եվրոպայի առաջնության նախընտրական փուլի՝ Իսպանիայի հավաքականի դեմ խաղի առաջին 69 րոպեներին (0:1)։ 1998 թվականի օգոստոսի 18-ին մասնակցել է Լիբանանի դեմ ըկերական խաղին, որի 34-րդ րոպեին հեռացվել է դաշտից։
Արա Նիգոյանը՝ որպես մարզիչ, աշխատել է Երևանի «Կիլիկիա» (2004), Դիլիջանի «Իմպուլս» (մինչև 2013) ակումբնրում։ 2013 թվականին դարձել է «Միկա» ակումբի մարզիչ։ Նույն թվականի սեպտեմբերից[3] մինչև 2014 թվականի հունիս եղել է «Միկա-2» ակումբի գլխավոր մարզիչ։ 2017 թվականի ապրիլին ընդգրկվել է «Բանանց» ակումբի մարզչական շտաբում[4], իսկ նույն թվականի հոկտեմբերին դարձել է «Բանանց-2» ակումբի գլխավոր մարզիչ։